<div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>I am trying to understand how the plane is defined in chimera. Can you please help me with that?<br><div><br></div><div><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:"Times New Roman";font-size:medium">"Define a plane for the </span><a href="https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/frameatom_spec.html" style="font-family:"Times New Roman";font-size:medium">specified</a><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:"Times New Roman";font-size:medium"> atoms. Eigenvectors/values are calculated from the atomic coordinates after subtracting the position of their non-mass-weighted centroid. The plane is anchored at the centroid and aligned with the first two eigenvectors (the third eigenvector is normal to the plane)."</span></div><div><font color="#000000" face="Times New Roman" size="3"><br></font></div><div><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:"Times New Roman";font-size:medium">Define a plane for the </span><a href="https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/frameatom_spec.html" style="font-family:"Times New Roman";font-size:medium">specified</a><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:"Times New Roman";font-size:medium"> atoms.</span></div><div><font color="#000000" face="Times New Roman" size="3">- specified atoms, i use 'sel protein'</font></div><div><font color="#000000" face="Times New Roman" size="3"><br></font></div><div><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:"Times New Roman";font-size:medium">Eigenvectors/values are calculated from the atomic coordinates</span></div><div><font color="#000000" face="Times New Roman" size="3">- atomic coordinates, so x,y,z coordinates of all atoms. (Can you please explain a bit more like how and what you read from PDB file to define plane).</font></div><div><font color="#000000" face="Times New Roman" size="3"><br></font></div><div><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:"Times New Roman";font-size:medium">after subtracting the position of their non-mass-weighted centroid</span></div><div><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:"Times New Roman";font-size:medium"></span><font color="#000000" face="Times New Roman" size="3">- how is non-mass-weighted centroid is calculated</font></div><div><font color="#000000" face="Times New Roman" size="3"><br></font></div><div><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:"Times New Roman";font-size:medium">The plane is anchored at the centroid</span></div><div><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:"Times New Roman";font-size:medium"></span><font color="#000000" face="Times New Roman" size="3">- which centroid is this? Is the protein moved to the origin(0,0,0) position?</font></div><div><font color="#000000" face="Times New Roman" size="3"><br></font><div><br></div><div>Thanks,</div><div>Catherine</div></div></div></div>