<div dir="ltr"><div><div><div><div>Hey, my goal is to change the dihedrals of an already existing pdb template in order to find low-energy protein conformations.<br><br></div>The issue I have here is that for some residues the dihedrals phi and psi cannot be changed. That's the error I get:<br><br>Traceback (most recent call last):<br>  File "/home/nick/.local/UCSF-Chimera64-1.11.2/share/chimeraInit.py", line 683, in init<br>    chimera.openModels.open(a, prefixableType=1)<br>  File "/home/nick/.local/UCSF-Chimera64-1.11.2/share/chimera/__init__.py", line 1929, in open<br>    models = func(filename, *args, **kw)<br>  File "/home/nick/.local/UCSF-Chimera64-1.11.2/share/chimera/__init__.py", line 1299, in _openPython<br>    loadFunc(sandboxName, fileName, f)<br>  File "predictor.py", line 40, in <module><br>    es.main_loop();<br>  File "/home/nick/Python/pdb/AbstractOptimizer.py", line 97, in main_loop<br>    self.fs, self.evals, self.terminate = self.eval_pop(self.eval_func,self.pop,self.evals,self.eval_budget,self.extra_par)<br>  File "/home/nick/Python/pdb/eval_energy.py", line 20, in eval_energy<br>    allR[j].phi = pop[i,j];<br>  File "/home/nick/.local/UCSF-Chimera64-1.11.2/share/chimera/phipsi.py", line 98, in setPhi<br>    _setAngle(bond, phi, getPhi(res, missingIsError=True), "phi", anchorSide)<br>  File "/home/nick/.local/UCSF-Chimera64-1.11.2/share/chimera/phipsi.py", line 147, in _setAngle<br>    br = BondRot(bond)<br>ValueError: bond is part of a cycle<br><br><br></div>Is there a way to determine beforehand which bonds are part of circle and hence which residues' dihedral information cannot be changed?<br><br></div>Thank you in advanced for your time,<br><br></div>Nikolaos Bismpikos<br></div>