<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=Windows-1252">
<style type="text/css" style="display:none;"><!-- P {margin-top:0;margin-bottom:0;} --></style>
</head>
<body dir="ltr">
<div id="divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;" dir="ltr">
<p><br>
</p>
<meta content="text/html; charset=UTF-8">
<div dir="ltr">
<div id="x_divtagdefaultwrapper" dir="ltr">
<p style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, Helvetica, EmojiFont, 'Apple Color Emoji', 'Segoe UI Emoji', NotoColorEmoji, 'Segoe UI Symbol', 'Android Emoji', EmojiSymbols; font-size: 12pt;">
Hi Elaine,</p>
<p style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, Helvetica, EmojiFont, 'Apple Color Emoji', 'Segoe UI Emoji', NotoColorEmoji, 'Segoe UI Symbol', 'Android Emoji', EmojiSymbols; font-size: 12pt;">
<br>
</p>
<p style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, Helvetica, EmojiFont, 'Apple Color Emoji', 'Segoe UI Emoji', NotoColorEmoji, 'Segoe UI Symbol', 'Android Emoji', EmojiSymbols; font-size: 12pt;">
Thank you very much for your prompt reply! </p>
<p style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, Helvetica, EmojiFont, 'Apple Color Emoji', 'Segoe UI Emoji', NotoColorEmoji, 'Segoe UI Symbol', 'Android Emoji', EmojiSymbols; font-size: 12pt;">
<br>
</p>
<p style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, Helvetica, EmojiFont, 'Apple Color Emoji', 'Segoe UI Emoji', NotoColorEmoji, 'Segoe UI Symbol', 'Android Emoji', EmojiSymbols; font-size: 12pt;">
I guess you are right although Amira suggests different file formats to open a given file including .MRC, this is why I found it strange Amira could not open it. Meanwhile I contacted Amira and I am in touch with them to solve this issue. Yes, I can open this
 .MRC file via Fiji, but I experience issues when I save it as a .tiff or .raw file and I tried to open it with Amira again. Amira only recognises 1 slice. It would be nice to have a save as .tiff stack or image sequence from Chimera.</p>
<p style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, Helvetica, EmojiFont, 'Apple Color Emoji', 'Segoe UI Emoji', NotoColorEmoji, 'Segoe UI Symbol', 'Android Emoji', EmojiSymbols; font-size: 12pt;">
<br>
</p>
<p style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, Helvetica, EmojiFont, 'Apple Color Emoji', 'Segoe UI Emoji', NotoColorEmoji, 'Segoe UI Symbol', 'Android Emoji', EmojiSymbols; font-size: 12pt;">
Also, could you tell me how one enters the voxel size and other information when one imports a file, please?</p>
<p style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, Helvetica, EmojiFont, 'Apple Color Emoji', 'Segoe UI Emoji', NotoColorEmoji, 'Segoe UI Symbol', 'Android Emoji', EmojiSymbols; font-size: 12pt;">
<br>
</p>
<p style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, Helvetica, EmojiFont, 'Apple Color Emoji', 'Segoe UI Emoji', NotoColorEmoji, 'Segoe UI Symbol', 'Android Emoji', EmojiSymbols; font-size: 12pt;">
Another thing I was curious about is whether or not it is possible to specify memory allocation to process volume rendering for instance. I found Chimera very slow and it often displays errors while using the volume eraser and volume rendering at a number of
 2, even if I process the volume at 16 it is still really slow.</p>
<p style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, Helvetica, EmojiFont, 'Apple Color Emoji', 'Segoe UI Emoji', NotoColorEmoji, 'Segoe UI Symbol', 'Android Emoji', EmojiSymbols; font-size: 12pt;">
<br>
</p>
<p style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, Helvetica, EmojiFont, 'Apple Color Emoji', 'Segoe UI Emoji', NotoColorEmoji, 'Segoe UI Symbol', 'Android Emoji', EmojiSymbols; font-size: 12pt;">
Here are the specs of my machine: <span style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont; font-size: 12pt;">Desktop computer with Windows 7 Intel Xeon CPU X5550 @ 2.67 GHz 2.66 Ghz (2 processors) 48 Gigs of Ram 64 bit OS</span></p>
<div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont; font-size: 12pt; margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">
<span style="font-size: 12pt;">Graphic Card: Nvidia GeForce GTX 680 Total available graphics : 7934Mb and dedicated video memory: 4096 MB GDDR 5</span><br>
</div>
<div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont; font-size: 12pt; margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">
<span style="font-size: 12pt;"><br>
</span></div>
<div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;"><font face="Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont" size="3">I can easily open and process a 10 </font><font face="Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont">gbs file and even
 20 gbs with Amira without having it to crash or running too slow.</font></div>
<div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;"><font face="Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont"><br>
</font></div>
<div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;"><font face="Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont">I think Chimera is a really nice software and I am using it since I was particularly interested in this volume eraser tool.</font></div>
<div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;"><font face="Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont"><br>
</font></div>
<div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;"><font face="Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont">Best,</font></div>
<div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;"><font face="Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont">Yoland</font></div>
<div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;"><font face="Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont"><br>
</font></div>
<div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;"><font face="Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont"><br>
</font></div>
<div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;"><font face="Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont"><br>
</font></div>
</div>
<hr tabindex="-1" style="display:inline-block; width:98%">
<div id="x_divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" color="#000000" style="font-size:11pt"><b>From:</b> Elaine Meng <meng@cgl.ucsf.edu><br>
<b>Sent:</b> Tuesday, June 13, 2017 2:26:11 AM<br>
<b>To:</b> Savriama, Yoland F<br>
<b>Cc:</b> chimera-users@cgl.ucsf.edu<br>
<b>Subject:</b> Re: [Chimera-users] Files generated by UCSF Chimera as .MRC format do not open with AMIRA 5.3.3</font>
<div> </div>
</div>
</div>
<font size="2"><span style="font-size:10pt;">
<div class="PlainText">Hi Yolanda,<br>
Iím not aware of anything special about the MRC files from Chimera.  It sounds like you simply donít have a license to use the part of Amira that reads/handles MRC files, in which case you would need to contact the Amira folks about getting such a license. 
 Can you open any MRC files in Amira, like from sources other than Chimera?<br>
Best,<br>
Elaine<br>
----------<br>
Elaine C. Meng, Ph.D. <br>
UCSF Chimera(X) team<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
<br>
> On Jun 12, 2017, at 9:18 AM, Savriama, Yoland F <yoland.savriama@helsinki.fi> wrote:<br>
> <br>
> Greetings,<br>
>  <br>
> I am a researcher working at the University of Helsinki (Finland) and I have used the software UCSF Chimera to process 3D CT-Scans data. I saved the process files as a single .MRC file. When I tried to open it with Amira 5.3.3 it displays the following error
 message:<br>
>  <br>
> "No valid licence found for extension Amira Microscopy Option 5.3 Please contact us". The console also says "Access denied for 'readMRCFileStack'"<br>
>  <br>
> I thought that Amira could read these standard .MRC files? Could it be there was an issue during the file export with Chimera?<br>
>  <br>
> Best wishes,<br>
> Yoland Savriama, PhD<br>
> P/O Jernvall<br>
> Institute of Biotechnology<br>
> P.O. Box 56 (Viikinkaari 5)<br>
> FIN-00014 FINLAND<br>
<br>
</div>
</span></font></div>
</body>
</html>