<div dir="ltr"><div>Hello, I am having a problem with trying to open a .pdb file using a python script.<br><br></div>The file opens and the protein structure is displayed properly when I open the file using the Chimera GUI. However, when I try to run the code from a python script, using the demo script for looping through .pdb files I get the following error:<br><div><div><br>----------------------------------------------------------------------<br><br>File "/home/nick/.local/UCSF-Chimera64-1.11.2/lib/python2.7/re.py", line 251, in _compile<br>    raise error, v # invalid expression<br><br>----------------------------------------------------------------------</div><div>This is the code I am trying to run:<br>----------------------------------------------------------------------<br><br>import sys<br>import os<br>from chimera import runCommand as rc # use 'rc' as shorthand for runCommand<br>from chimera import replyobj # for emitting status messages<br><br># change to folder with data files<br>os.chdir("/home/nick/Python/pdb")<br>print >> sys.stdout, retval<br><br># gather the names of .pdb files in the folder<br>file_names = [fn for fn in os.listdir(".") if fn.endswith(".pdb")]<br><br># loop through the files, opening, processing, and closing each in turn<br>for fn in file_names:<br>    replyobj.status("Processing " + fn) # show what file we're working on<br>    rc("open " + fn)<br>    replyobj.status("Opened " + fn) # show what file we're working on<br>    rc("align ligand ~ligand") # put ligand in front of remainder of molecule<br>    rc("focus ligand") # center/zoom ligand<br>    rc("surf") # surface receptor<br>    rc("preset apply publication 1") # make everything look nice<br>    rc("surftransp 15") # make the surface a little bit see-through<br>    # save image to a file that ends in .png rather than .pdb<br>    png_name = fn[:-3] + "png"<br>    rc("copy file " + png_name + " supersample 3")<br>    rc("close all")<br></div><div><br>----------------------------------------------------------------------<br><br>The error in more detail, including the traceback from the terminal is the following:<br><br>----------------------------------------------------------------------<br><br>Processing prediction[NoEnergy-K:0-BS:0.00]-21(20.310186).pdb<br><br>Traceback (most recent call last):<br>  File "/home/nick/.local/UCSF-Chimera64-1.11.2/share/chimeraInit.py", line 683, in init<br>    chimera.openModels.open(a, prefixableType=1)<br>  File "/home/nick/.local/UCSF-Chimera64-1.11.2/share/chimera/__init__.py", line 1929, in open<br>    models = func(filename, *args, **kw)<br>  File "/home/nick/.local/UCSF-Chimera64-1.11.2/share/chimera/__init__.py", line 1299, in _openPython<br>    loadFunc(sandboxName, fileName, f)<br>  File "test1.py", line 23, in <module><br>    rc("open " + fn)<br>  File "/home/nick/.local/UCSF-Chimera64-1.11.2/share/chimera/__init__.py", line 2747, in runCommand<br>    makeCommand(*args, **kw)<br>  File "/home/nick/.local/UCSF-Chimera64-1.11.2/share/Midas/midas_text.py", line 69, in makeCommand<br>    f(c, args)<br>  File "/home/nick/.local/UCSF-Chimera64-1.11.2/share/Midas/midas_text.py", line 1552, in doOpen<br>    paths = testPath(text, wildcarding)<br>  File "/home/nick/.local/UCSF-Chimera64-1.11.2/share/Midas/midas_text.py", line 1538, in testPath<br>    return glob(expanded)<br>  File "/home/nick/.local/UCSF-Chimera64-1.11.2/lib/python2.7/glob.py", line 27, in glob<br>    return list(iglob(pathname))<br>  File "/home/nick/.local/UCSF-Chimera64-1.11.2/lib/python2.7/glob.py", line 49, in iglob<br>    for name in glob1(os.curdir, basename):<br>  File "/home/nick/.local/UCSF-Chimera64-1.11.2/lib/python2.7/glob.py", line 83, in glob1<br>    return fnmatch.filter(names, pattern)<br>  File "/home/nick/.local/UCSF-Chimera64-1.11.2/lib/python2.7/fnmatch.py", line 56, in filter<br>    _cache[pat] = re_pat = re.compile(res)<br>  File "/home/nick/.local/UCSF-Chimera64-1.11.2/lib/python2.7/re.py", line 194, in compile<br>    return _compile(pattern, flags)<br>  File "/home/nick/.local/UCSF-Chimera64-1.11.2/lib/python2.7/re.py", line 251, in _compile<br>    raise error, v # invalid expression<br>error: bad character range<br><br>Error while processing test1.py:<br>error: bad character range<br><br>  File "/home/nick/.local/UCSF-Chimera64-1.11.2/lib/python2.7/re.py", line 251, in _compile<br>    raise error, v # invalid expression<br><br>See reply log for Python traceback.<br><br><br>----------------------------------------------------------------------<br></div><div>The error obviously appears at the 2nd line of the for loop (  rc("open " + fn) ) <br></div><div><br></div><div>Any tips on why this might happen? I am using Ubuntu 14.04 LTS and the Chimera version I installed is chimera-1.11.2-linux_x86_64.bin<br><br><br></div></div></div>