<div dir="ltr"><div><div>Hi Elaine,<br><br></div>I was missing pair ss in the mm command. Now its working! Thank you so much.<br><br></div>- Catherine<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Jun 6, 2017 at 4:33 PM, Elaine Meng <span dir="ltr"><<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" target="_blank">meng@cgl.ucsf.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Catherine,<br>
(Cc’ing <a href="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu">chimera-users@cgl.ucsf.edu</a> which is the recommended address for Chimera questions)<br>
<br>
As the message suggests, your models #0 and #1 are not rotated from each other. I’m guessing that you opened the same dimer structure twice and then matched it to itself.  For example, if your structure contains chains A and B, it sounds like A was matched to A and B to B, so there was no rotation (zero degrees).  You have to make sure that the matching is A to B and B to A.  To do this with the “mm” command, for example, you would have to specify the chains AND use the “pair ss” option.<br>
<br>
There is a specific example of commands for structure 5hvp in this previous post.<br>
<<a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2017-April/013290.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://plato.cgl.ucsf.edu/<wbr>pipermail/chimera-users/2017-<wbr>April/013290.html</a>><br>
<br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
----------<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.<br>
UCSF Chimera(X) team<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<span class=""><br>
<br>
<br>
> On Jun 6, 2017, at 1:22 PM, Catherine Jenifer Rajam Rajendran <<a href="mailto:catrajen@umail.iu.edu">catrajen@umail.iu.edu</a>> wrote:<br>
><br>
> Hi Eric,<br>
> I am trying to find Axis of Symmetry in Dimers. I executed mm command, and then tried to execute measure rotation #0 #1 command. It throws me an error:<br>
><br>
</span>> <image.png><br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5">><br>
> I am using chimera version 1.11.2. Can you please help me with this?<br>
> Thanks,<br>
> Catherine<br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br></div>