<div dir="ltr">Thank you Sir<div>Actually I intend to work on AutoDock and since it need a pdb file format I wanted Chimera (but since you are saying I need pdb to load ligand file in Chimera I will probably need some other tool. </div><div>Can I still get the chance to analyse my Docked results on Chimera software.</div><div>Thanks for your guidance</div><div>Regards</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, May 23, 2017 at 2:11 AM, Elaine Meng <span dir="ltr"><<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" target="_blank">meng@cgl.ucsf.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hello Maria Taj Muhammad,<br>
The address for questions about using Chimera is <a href="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu">chimera-users@cgl.ucsf.edu</a> (CC’d here).<br>
<br>
Chimera does not read chemdraw.cdx files, sorry.<br>
<br>
Here is a list of the atomic-structure formats that Chimera can read:<br>
<<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/filetypes.html#molstruct" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/<wbr>chimera/docs/UsersGuide/<wbr>filetypes.html#molstruct</a>><br>
<br>
You would probably want to use PDB, Mol2, or (MOL) SDF for your ligands, to read them in to Chimera.  Then you can use the Dock Prep tool (in menu under Tools… Structure Editing) to add hydrogens and charges and save as Mol2.<br>
<<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/dockprep/dockprep.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/<wbr>chimera/docs/<wbr>ContributedSoftware/dockprep/<wbr>dockprep.html</a>><br>
<br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
----------<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.<br>
UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<span class=""><br>
<br>
> On May 22, 2017, at 7:55 AM, Williams, Joanne <<a href="mailto:Joanne.Williams@ucsf.edu">Joanne.Williams@ucsf.edu</a>> wrote:<br>
><br>
> From: bushra TAJ <<a href="mailto:bushraistaj@gmail.com">bushraistaj@gmail.com</a>><br>
</span>> Date: Thursday, May 18, 2017 at 10:53 PM<br>
> Subject: Re: chimera download<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5">><br>
> Hello Sir<br>
> will you please guide me for one more thing, I got pdb of my protein and have Autodock installed in my PC. I have 6 derivatives that I synthesized myself, can I load chemdraw.cdx file in chimera to prepare it for docking and finally safe it in Mol2 format???<br>
> What format I can take of my ligand to load in Chimera??<br>
><br>
> On Fri, May 19, 2017 at 9:50 AM, bushra TAJ <<a href="mailto:bushraistaj@gmail.com">bushraistaj@gmail.com</a>> wrote:<br>
>> My full name is Maria Taj Muhammad and I am doing PhD at Karachi University Chemistry department in Karachi city of PAKISTAN.<br>
>> is that OK<br>
>> Regards<br>
>><br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br></div>