<div dir="ltr">Thank You<div>You have been very helpful</div><div>Rgards</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, May 23, 2017 at 9:31 PM, Elaine Meng <span dir="ltr"><<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" target="_blank">meng@cgl.ucsf.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Yes, many people use Chimera to analyse results from AutoDock.  You would use the “ViewDock” tool (in menu under Tools… Surface/Binding Analysis).  AutoDock pdbqt file is one of the input formats.<br>
<br>
ViewDock tool:<br>
<<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/viewdock/framevd.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/<wbr>chimera/docs/<wbr>ContributedSoftware/viewdock/<wbr>framevd.html</a>><br>
<br>
See also the ViewDock tutorial:<br>
<<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/tutorials/vdtut.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/<wbr>chimera/docs/UsersGuide/<wbr>tutorials/vdtut.html</a>><br>
<span class="im HOEnZb"><br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
----------<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.<br>
UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
<br>
</span><div class="HOEnZb"><div class="h5">> On May 22, 2017, at 10:30 PM, bushra TAJ <<a href="mailto:bushraistaj@gmail.com">bushraistaj@gmail.com</a>> wrote:<br>
><br>
> Thank you Sir<br>
> Actually I intend to work on AutoDock and since it need a pdb file format I wanted Chimera (but since you are saying I need pdb to load ligand file in Chimera I will probably need some other tool.<br>
> Can I still get the chance to analyse my Docked results on Chimera software.<br>
> Thanks for your guidance<br>
> Regards<br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br></div>