<div dir="ltr"><div><div><div><div><div><div>I am trying to investigate the protein surrounding a docked (autodock-vina, alpha chimera 1.1 build 40505 linux 64) ligand. I am interested in the environment of specific atoms of the ligand.<br><br></div>With command<br><br></div>sel #1.1@N z<5<br><br></div>I can investigate the protein at 5A from BOTH nitrogen atoms of model 1.1.<br><br>How to select one of the two existing N atoms in the ligand? Same questions for other ligand atoms (there are many O-atoms)<br><br></div>Is that possible without elaborating the vina output?<br><br></div>thanks<br><br></div>francesco pietra<br></div>