<div dir="ltr"><div><div><div>Hi Elaine:<br></div>That fantastic 'sel sel z<5'!<br><br></div>Thanks a lot<br><br></div>francesco<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, May 12, 2017 at 7:36 PM, Elaine Meng <span dir="ltr"><<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" target="_blank">meng@cgl.ucsf.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Francesco,<br>
Although each atom in a residue should have a different name, I guess your model #1.1 has more than one residue.  If you hover the mouse over the atom you are interested in, the pop-up information should include both the residue number and the atom name, which you can include in the command to narrow it down, for example:<br>
<br>
sel #1.1:2@N z<5<br>
<br>
(atom named N in residue 2 of model 1.1).  Or, if you don’t mind doing it interactively, you could Ctrl-click to select the atom you want and then use “sel” to specify it, for example:<br>
<br>
sel sel z<5<br>
<br>
Although you might think that wouldn’t work, it does!<br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
-----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.<br>
UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
> On May 12, 2017, at 10:26 AM, Francesco Pietra <<a href="mailto:chiendarret@gmail.com">chiendarret@gmail.com</a>> wrote:<br>
><br>
> I am trying to investigate the protein surrounding a docked (autodock-vina, alpha chimera 1.1 build 40505 linux 64) ligand. I am interested in the environment of specific atoms of the ligand.<br>
><br>
> With command<br>
><br>
> sel #1.1@N z<5<br>
><br>
> I can investigate the protein at 5A from BOTH nitrogen atoms of model 1.1.<br>
><br>
> How to select one of the two existing N atoms in the ligand? Same questions for other ligand atoms (there are many O-atoms)<br>
> Is that possible without elaborating the vina output?<br>
> thanks<br>
> francesco pietra<br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br></div>