
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN"

    "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">

<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">

    <head>

        <title></title>

    </head>

    <body>

        <p>

            Good day<br />

            I am making a movie by writing a chimera command script and I searched through existing chimera topics but I could not find a solution for these issues:<br />

            <br />

            Is there a command to display hbonds, I have made a script now to select residues and find the hbonds, even color + line width them and then I get rid of them later by ~hbonds.<br />

            <br />

            What I would prefer is to have them premade (so I dont need to select residues during the movie) but not displayed, later I then displayed and undisplayed them with a scipt command.<br />

            <br />

            Also I could not get the lineType command to work inside the hbond script (lineWidth worked fine), I had to use the setattribute command in a second script line, so for a splitsecond I have a different linetype displayed.<br />

            <br />

            The second question is about distance labelling. I can set the options in the gui and then distances are displaed by a script with the distance in Angstrom shown. Is there a way to undisplay the distance label later but keep the dashed line, so change the gui option with a script?<br />

            <br />

            Also I assume this is not possible, is there a script to change where the label will show up next to the line? I have not looked into displaying and undisplaying 2D labels with scripts, maybe that is a possibility?<br />

            <br />

            Lastly which is not that important, is there any way to trim the corners easily? I think I am recording a lot of white space to the left and right throughout the movie, if I resize the window the molecule gets focused, so its no longer exactly where I had it related to the corners and I think I would have to adjust the script.<br />

            <br />

            Thank you so much, I hope I made my questions clear, chimera is an awesome program, movie is 21 minutes at the moment.<br />

            <br />

            Best wishes<br />

            Matthias Fellner Michigan State University<br />

        </p>

    </body>

</html>