<p>Dear all, </p><p>I need to merge two maps in MATLAB using
alignment data from chimera. Inputs:  two maps of the same box size,
origin. I use matrixget -  to report translation and rotation
matrices for the aligned map . Translation operation works well when
transferred into MATLAB (briefly, translation matrix gets converted in
eulers and pased on to tom_rotate command in MATLAB, TOM package). However
the x y z translation coordinates (the fourth column top to bottom in
matrixget - output) are way off the real translation when using tom_shift
command in MATLAB, TOM.</p><p>I found out that if I open the rotated map
and fit it again, it gives close to correct translation
matrix.</p><p> </p><p>What's going wrong here? Does anyone have a
solution how to overlay 3D arrays in MATLAB using chimera-reported
transformation matrices?</p><p> </p><p>Many
thanks,</p><p>Oleksiy </p><p> <br />
 </p><p>Dr Oleksiy Kovtun<br />
Research Fellow<br />
Briggs group<br />
MRC Laboratory of Molecular Biology<br />
Francis Crick Avenue<br />
Cambridge<br />
CB2 0QH<br />
UK<br />
<br />
Tel: + 44 1223 267551<br />
Email: okovtun@mrc-lmb.cam.ac.uk</p>