<div dir="ltr">Dear Mr. <span style="color:rgb(0,0,0);font-size:14px">Goddard,</span><div><span style="color:rgb(0,0,0);font-size:14px">Thanks for your quick reply. The script link really helps. </span></div><div><span style="color:rgb(0,0,0);font-size:14px"><br></span></div><div><span style="color:rgb(0,0,0);font-size:14px"><br></span></div><div><span style="color:rgb(0,0,0);font-size:14px">Thanks</span></div><div><span style="color:rgb(0,0,0);font-size:14px">Salim Sazzed  </span></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Apr 13, 2017 at 5:42 PM, Tom Goddard <span dir="ltr"><<a href="mailto:goddard@sonic.net" target="_blank">goddard@sonic.net</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">Hi Salim,<div><br></div><div>  The Chimera MRC file writer puts the minimum, maximum and mean value of exactly the grid values that are being written to the MRC file.  So for instance if you are writing out a subvolume of a bigger map, the min, max, mean are not the values for the bigger map, they are the values for the subvolume.  Likewise if you write a subsampled map where only every other data value is included along each axis, then only those values are included in the min, max, mean.</div><div><br></div><div>  Here is the Chimera code that writes MRC:</div><div><br></div><div><span class="m_8008410940131866119Apple-tab-span" style="white-space:pre-wrap">  </span><a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/trac/chimera/browser/trunk/libs/VolumeData/mrc/writemrc.py" target="_blank">http://plato.cgl.ucsf.edu/<wbr>trac/chimera/browser/trunk/<wbr>libs/VolumeData/mrc/writemrc.<wbr>py</a></div><div><br></div><div>  Tom</div><div><br><div><blockquote type="cite"><div><div class="h5"><div>On Apr 13, 2017, at 11:59 AM, SALIM SAZZED  wrote:</div><br class="m_8008410940131866119Apple-interchange-newline"></div></div><div><div><div class="h5"><div dir="ltr">Hello,<div>I am a Ph.D. student of Computer Science department at Old Dominion University, USA. I am using Chimera for my research. Can you please tell me how Chimera calculates <b>DMIN, DMAX, DMEAN </b>value of MRC header after chopping a portion of original MRC/MAP<b>?</b></div><div><br></div><div>My understanding about that-</div><div><br></div><div><br></div><div><b>DMIN: T</b>he minimum density value of the voxels in the MRC/MAP Cube.<b><br></b></div><div><br></div><div><b>DMAX: T</b>he maximum density value of the voxels in the MRC/MAP Cube.<br></div><div><br></div><div><b>DMEAN: </b>The average density of voxels (add all the voxels density value and divide it by the number of voxels).<br></div><div><br></div><div><br></div><div>It will be really helpful if you clarify.</div><div><br></div><div><br></div><div>Thanks</div><div>Salim Sazzed </div><div><br></div><div><br></div><div><br></div></div></div></div>
______________________________<wbr>_________________<br>Chimera-users mailing list: <a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br>Manage subscription: <a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" target="_blank">http://plato.cgl.ucsf.edu/<wbr>mailman/listinfo/chimera-users</a><br></div></blockquote></div><br></div></div></blockquote></div><br></div>