<div dir="ltr"><div><div>Dear Elaine,<br><br><br></div>   Thank you for your email. So I build missing residues for my both chains separately, is there a way to combine these two chains after that process?? I mean, I have now two chains which they are both the outputs of Modeller, how to create a single PDB out of two processed PDB.<br><br></div>Cheers, <br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Apr 4, 2017 at 6:42 PM, Elaine Meng <span dir="ltr"><<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" target="_blank">meng@cgl.ucsf.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear Armin,<br>
Sorry, the Chimera-Modeller interface does not allow modeling more than one chain.  Modeling a multimer or complex of multiple chains requires running Modeller separately.<br>
<br>
<<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/multalignviewer/modeller.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/<wbr>chimera/docs/<wbr>ContributedSoftware/<wbr>multalignviewer/modeller.html</a>><br>
<br>
Regards,<br>
Elaine<br>
----------<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.<br>
UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
> On Apr 4, 2017, at 4:56 AM, ARMIN HODAEI <<a href="mailto:ahodaei15@ku.edu.tr">ahodaei15@ku.edu.tr</a>> wrote:<br>
><br>
> Dear Chimera Users,<br>
>     I want to use refining loop option to build missing residues for my target protein. First I get the FASTA file structure of protein then I load it into Chimera, after that in the Structure tab I select load structure, then I see the protein. After that Again in the "Structure" tab I select Modeller(loops/refinement). The rest is easy for creating the new structure PDB. But the problem is that I want whole protein to be treated in this refinement, but it only chose one chain, How can I do this for both chains at once?<br>
> Sincrely,<br>
> --<br>
> Armin Hodaei<br>
> Department of Physics,<br>
> Faculty of Arts and Sciences<br>
> Koc University, Istanbul<br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><span><font color="#888888"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>Armin Hodaei<br>Department of Physics,<br>Faculty of Arts and Sciences<br>Koc University, Istanbul<br></div></div></div></div></div></div></div></font></span></div></div>
</div>