<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=Windows-1252">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 14px; font-family: Calibri, sans-serif;">
<div>Hi Tom, </div>
<div>I am attaching the PQR files and raw PDB files of the crystal structure of human gamma D with two monomers rotated 90 degrees to one another.  Please take a look at it and tell me what you think,</div>
<div>Thanks,</div>
<div>Vatsala</div>
<span id="OLK_SRC_BODY_SECTION">
<div style="font-family:Calibri; font-size:11pt; text-align:left; color:black; BORDER-BOTTOM: medium none; BORDER-LEFT: medium none; PADDING-BOTTOM: 0in; PADDING-LEFT: 0in; PADDING-RIGHT: 0in; BORDER-TOP: #b5c4df 1pt solid; BORDER-RIGHT: medium none; PADDING-TOP: 3pt">
<span style="font-weight:bold">From: </span>Tom Goddard <<a href="mailto:goddard@sonic.net">goddard@sonic.net</a>><br>
<span style="font-weight:bold">Date: </span>Thursday, January 5, 2017 at 7:07 PM<br>
<span style="font-weight:bold">To: </span>"<a href="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu">chimera-users@cgl.ucsf.edu</a> BB" <<a href="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu">chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>>, "Sagar, Vatsala (NIH/NEI) [F]" <<a href="mailto:vatsala.sagar@nih.gov">vatsala.sagar@nih.gov</a>><br>
<span style="font-weight:bold">Subject: </span>Re: [Chimera-users] dipoles<br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
Hi Vatsala,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">  I guess you are refering to the dipole.py script on the Chimera Python scripts web page:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"></span><a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/trac/chimera/wiki/Scripts" class="">http://plato.cgl.ucsf.edu/trac/chimera/wiki/Scripts</a></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Yes it should give the same answer for a molecule and a copy of that molecule rotated by 90 degrees.  Without have the structure and rotated PQR files I donít know what is going wrong.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"></span>Tom</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
<div>
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Jan 4, 2017, at 11:17 AM, Sagar, Vatsala (NIH/NEI) [F]  wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; font-size: 14px; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<div class="">Hi,</div>
<div class="">Do you know if there is a method to calculate dipoles in Chimera?  I have generated a PQR structure in predicted protonation state and uploaded it onto Chimera.  I then used a downloaded app called dimer.py to calculate the dipole moments of two
 of the same monomers rotated 90degrees.  Technically they should both give the same dipole as the structures align 100% but according to the PDB coordinates are only rotated relative to one another.  The dipole.py scipt is calculating them as two different
 dipoles.  Can you help me with this?</div>
<div class="">Thanks,</div>
<div class="">Vatsala Sagar</div>
</div>
</div>
_______________________________________________<br class="">
Chimera-users mailing list: <a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" class="">
Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br class="">
Manage subscription: <a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" class="">
http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br class="">
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
</div>
</div>
</span>
</body>
</html>