<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style type="text/css" style="display:none;"><!-- P {margin-top:0;margin-bottom:0;} --></style>
</head>
<body dir="ltr">
<div id="divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;" dir="ltr">
<div id="divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;" dir="ltr">
<p>I might be able to offer a bit of help here, the Chimera team and Jaime helped me with basically this exact problem.</p>
<p><br>
</p>
<p>I have a script here&nbsp;<a href="https://github.com/jrjhealey/bioinfo-tools/blob/master/strucfit.py" class="OWAAutoLink" id="LPlnk253829" previewremoved="true">https://github.com/jrjhealey/bioinfo-tools/blob/master/strucfit.py</a>&nbsp;that you could take from.
 You'll probably want to look specifically at lines 216-240. (Note - you'll also need to look at the relevant module imports for match and pychimera etc.</p>
<p><br>
</p>
<p>The script will need Jaime's implementation of pychimera too (he's super helpful!)</p>
<p><a href="https://github.com/insilichem/pychimera" class="OWAAutoLink" id="LPlnk869723" previewremoved="true">https://github.com/insilichem/pychimera</a><br>
<br>
</p>
The script gives output as below, a<span style="font-size: 12pt;">s the script automatically finds the best matching PDB file (that's what the first 150 lines or so
</span>is<span style="font-size: 12pt;"> looking for), there is additional information there.</span></div>
<div id="divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;" dir="ltr">
<span style="font-size: 12pt;"><br>
</span></div>
<div id="divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;" dir="ltr">
<span style="font-size: 12pt;">
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 16px;">
Best &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Model I'm</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 16px;">
Hit &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Comparing &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; RMSD &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Assorted homology metrics<br class="Apple-interchange-newline">
2k4r<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;"> </span>PAK_01796_model5.pdb<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;">
</span>2.81843275676<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;"> </span>
37.5<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;"> </span>13<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;">
</span>0.00035<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;"> </span>21.5</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 16px;">
2k4r<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;"> </span>PAK_01796_model4.pdb<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;">
</span>12.6869844869<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;"> </span>
37.5<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;"> </span>13<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;">
</span>0.00035<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;"> </span>21.5</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 16px;">
2k4r<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;"> </span>PAK_01796_model3.pdb<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;">
</span>14.4133021316<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;"> </span>
37.5<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;"> </span>13<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;">
</span>0.00035<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;"> </span>21.5</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 16px;">
2k4r<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;"> </span>PAK_01796_model1.pdb<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;">
</span>0.459177533295<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;"> </span>
37.5<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;"> </span>13<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;">
</span>0.00035<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;"> </span>21.5</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 16px;">
2k4r<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;"> </span>PAK_01796_model2.pdb<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;">
</span>15.1861411912<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;"> </span>
37.5<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;"> </span>13<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;">
</span>0.00035<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;"> </span>21.5</div>
&nbsp;</span></div>
<div id="divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;" dir="ltr">
<p><br>
</p>
<p>Hope that's useful! Happy to offer more help (though I'm sure the chimera team have it covered!)</p>
<p><br>
</p>
<p><br>
</p>
<div id="Signature">
<div id="divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="font-size:12pt; color:#000000; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<div id="divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt; color:#000000; background-color:#FFFFFF; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
Joe<br style="font-size:10pt">
</div>
<div id="divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt; color:#000000; background-color:#FFFFFF; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<br>
</div>
<div id="divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt; color:#000000; background-color:#FFFFFF; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<span style="text-decoration:underline">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;</span><br>
</div>
<div id="divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt; color:#000000; background-color:#FFFFFF; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<span style="font-size:10pt">M.Sc. B.Sc. (Hons) MSRB</span><br>
</div>
<div id="divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt; color:#000000; background-color:#FFFFFF; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<span style="font-size:10pt"></span>
<div><span style="font-size:10pt">PhD Student</span></div>
<div><span style="font-size:10pt">MOAC CDT, Senate House</span></div>
<div><span style="font-size:10pt">University of Warwick<br style="">
</span></div>
<div><span style="font-size:10pt">Coventry<br style="">
</span></div>
<div><span style="font-size:10pt">CV47AL<br style="">
Mob: &#43;44 (0) 7536 042620 &nbsp;| &nbsp;</span><span style="font-size:10pt">Email: J.R.J.Healey@warwick.ac.uk</span></div>
<div><span style="font-size:10pt"><br style="">
</span></div>
<div><span style="font-size:10pt">Jointly working in:<br style="">
</span></div>
<div><span style="font-size:10pt"><a href="http://www2.warwick.ac.uk/fac/med/research/tsm/microinfect/staff/waterfieldlab/" id="LPNoLP">Waterfield Lab</a> (<span style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif; font-size:13.3333330154419px; background-color:rgb(255,255,255)">WMS&nbsp;</span><span style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif; font-size:13.3333330154419px; background-color:rgb(255,255,255)">Microbiology
 and Infecti</span><span style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif; font-size:13.3333330154419px; background-color:rgb(255,255,255)">on Un</span><span style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif; font-size:13.3333330154419px; background-color:rgb(255,255,255)">it)</span></span></div>
<div><span style="font-size:10pt">and the&nbsp;<a href="http://www2.warwick.ac.uk/fac/sci/chemistry/research/gibson/gibsongroup/" id="LPNoLP">Gibson Lab</a>&nbsp;(Warwick Chemistry)<br style="">
</span></div>
<div><span style="font-size:10pt"><br style="">
</span></div>
<div><span style="font-size:10pt">Twitter: <a href="https://twitter.com/JRJHealey" id="LPNoLP">
@JRJHealey</a>&nbsp; |&nbsp;&nbsp;</span><span style="font-size:10pt">Website: </span><a href="http://www2.warwick.ac.uk/fac/sci/moac/people/students/2013/joseph_healey" style="font-size:10pt" id="LPNoLP">MOAC Page</a>&nbsp;| ORCID:&nbsp;<span>orcid.org/0000-0002-9569-6738</span></div>
</div>
</div>
</div>
<br>
<br>
<div style="color: rgb(0, 0, 0);">
<div>
<hr tabindex="-1" style="display:inline-block; width:98%">
<div id="x_divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" color="#000000" style="font-size:11pt"><b>From:</b> chimera-users-bounces@cgl.ucsf.edu &lt;chimera-users-bounces@cgl.ucsf.edu&gt; on behalf of chimera-users-request@cgl.ucsf.edu &lt;chimera-users-request@cgl.ucsf.edu&gt;<br>
<b>Sent:</b> 22 December 2016 20:00<br>
<b>To:</b> chimera-users@cgl.ucsf.edu<br>
<b>Subject:</b> Chimera-users Digest, Vol 164, Issue 26</font>
<div>&nbsp;</div>
</div>
</div>
<font size="2"><span style="font-size:10pt;">
<div class="PlainText">Send Chimera-users mailing list submissions to<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; chimera-users@cgl.ucsf.edu<br>
<br>
To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br>
or, via email, send a message with subject or body 'help' to<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; chimera-users-request@cgl.ucsf.edu<br>
<br>
You can reach the person managing the list at<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; chimera-users-owner@cgl.ucsf.edu<br>
<br>
When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>
than &quot;Re: Contents of Chimera-users digest...&quot;<br>
<br>
<br>
Today's Topics:<br>
<br>
&nbsp;&nbsp; 1. Saving Output From Match Align (Muk, Sanychen)<br>
<br>
<br>
----------------------------------------------------------------------<br>
<br>
Message: 1<br>
Date: Thu, 22 Dec 2016 16:11:00 &#43;0000<br>
From: &quot;Muk, Sanychen&quot; &lt;smuk@coh.org&gt;<br>
To: &quot;chimera-users@cgl.ucsf.edu&quot; &lt;chimera-users@cgl.ucsf.edu&gt;<br>
Subject: [Chimera-users] Saving Output From Match Align<br>
Message-ID:<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;A69D81CB04F0734E96302AA9E36F9B233E521BEE@ppwexch2kx03.coh.org&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=&quot;iso-8859-1&quot;<br>
<br>
Hello,<br>
<br>
I'm working on a script to superimpose pdb structures onto one another and then run the match -&gt; align tool to align them to get the RMSD between residues of the pdb structures. I know that from the multialign interviewer window, I can then go to structure
 acess match and then save the attributes as a text file that will contain the residue number and RMSD. Is there a command that I can use to output this attributes file automatically? Thank you, and happy holidays.<br>
<br>
Best,<br>
Sanychen Muk<br>
<br>
<br>
---------------------------------------------------------------------<br>
*SECURITY/CONFIDENTIALITY WARNING:<br>
This message and any attachments are intended solely for the individual or entity to which they are addressed. This communication may contain information that is privileged, confidential, or exempt from disclosure under applicable law (e.g., personal health
 information, research data, financial information). Because this e-mail has been sent without encryption, individuals other than the intended recipient may be able to view the information, forward it to others or tamper with the information without the knowledge
 or consent of the sender. If you are not the intended recipient, or the employee or person responsible for delivering the message to the intended recipient, any dissemination, distribution or copying of the communication is strictly prohibited. If you received
 the communication in error, please notify the sender immediately by replying to this message and deleting the message and any accompanying files from your system. If, due to the security risks, you do not wi!<br>
&nbsp;sh to receive further communications via e-mail, please reply to this message and inform the sender that you do not wish to receive further e-mail from the sender. (fpc5p)<br>
---------------------------------------------------------------------<br>
<br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: &lt;<a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/attachments/20161222/e5914062/attachment-0001.html">http://plato.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/attachments/20161222/e5914062/attachment-0001.html</a>&gt;<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Chimera-users mailing list<br>
Chimera-users@cgl.ucsf.edu<br>
Manage subscription:<br>
<a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br>
<br>
<br>
End of Chimera-users Digest, Vol 164, Issue 26<br>
**********************************************<br>
</div>
</span></font></div>
</div>
</div>
</body>
</html>