<div dir="ltr">Hello Chimera gurus,<div><br></div><div>I am using multiscale models to view a virus capsid (PDB 2QA0) in Chimera. I would like to create a Python script to render the capsid as a multiscale model and then highlight (i.e. select) certain residues. However, I can't figure out the command-line syntax to create a multiscale model. The docs also suggest the Midas Python module as an alternative way of scripting Chimera in Python, but I haven't yet found that module.</div><div><br></div><div>Here is the rough order of what I am doing from the graphical user interface:</div><div><br></div><div>Open model 2QA0</div><div>Tools menu -> Higher-order structure -> Multiscale Models panel</div><div>(The following actions are all in the Multiscale Models panel)</div><div>Click "Make models" button in "Models from molecules and matrices" section</div><div>Click "All" button in "Select chains:" section</div><div>Click "Hide" button in "Act on selected chains" section, "Selected chains" subsection</div><div>Click "All" button in "Select chains:" section (again)</div><div><div>Select "Ribbon" from "Style" menu in "Act on selected chains" section</div></div><div>(then back to the main view)</div><div>Zoom out (with mouse wheel)<br></div><div>Favorites menu -> Command Line</div><div>Type "select :10,20,30"  (amino acids I want to highlight)</div><div><br></div><div><br></div><div>Here is what I've got so far in terms of equivalent Python code:</div><div><div><br></div><div>import os</div><div>from chimera import runCommand as rc</div><div>rc("open 2QA0")</div><div># make multiscale model here?</div><div>rc("select :10,20,30")  # select some residues</div></div><div><br></div><div><br></div><div>Your help would be appreciated - thanks!<br>Ian</div><div><br></div><div><br></div></div>