<div dir="ltr">Hello Chimera gurus,<div><br></div><div>I am using multiscale models to view a virus capsid (PDB 2QA0) in Chimera. I would like to create a Python script to render the capsid as a multiscale model and then highlight (i.e. select) certain residues. However, I can&#39;t figure out the command-line syntax to create a multiscale model. The docs also suggest the Midas Python module as an alternative way of scripting Chimera in Python, but I haven&#39;t yet found that module.</div><div><br></div><div>Here is the rough order of what I am doing from the graphical user interface:</div><div><br></div><div>Open model 2QA0</div><div>Tools menu -&gt; Higher-order structure -&gt; Multiscale Models panel</div><div>(The following actions are all in the Multiscale Models panel)</div><div>Click &quot;Make models&quot; button in &quot;Models from molecules and matrices&quot; section</div><div>Click &quot;All&quot; button in &quot;Select chains:&quot; section</div><div>Click &quot;Hide&quot; button in &quot;Act on selected chains&quot; section, &quot;Selected chains&quot; subsection</div><div>Click &quot;All&quot; button in &quot;Select chains:&quot; section (again)</div><div><div>Select &quot;Ribbon&quot; from &quot;Style&quot; menu in &quot;Act on selected chains&quot; section</div></div><div>(then back to the main view)</div><div>Zoom out (with mouse wheel)<br></div><div>Favorites menu -&gt; Command Line</div><div>Type &quot;select :10,20,30&quot;  (amino acids I want to highlight)</div><div><br></div><div><br></div><div>Here is what I&#39;ve got so far in terms of equivalent Python code:</div><div><div><br></div><div>import os</div><div>from chimera import runCommand as rc</div><div>rc(&quot;open 2QA0&quot;)</div><div># make multiscale model here?</div><div>rc(&quot;select :10,20,30&quot;)  # select some residues</div></div><div><br></div><div><br></div><div>Your help would be appreciated - thanks!<br>Ian</div><div><br></div><div><br></div></div>