<div dir="ltr">Thank you very much Elaine and Tom!<br>Ian<br><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Dec 20, 2016 at 3:56 PM, Elaine Meng <span dir="ltr"><<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" target="_blank">meng@cgl.ucsf.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Ian,<br>
You would use the “sym” command.  There is an option to create the multiscale-type low-resolution surfaces instead of loading all the atomic copies, but since you want ribbons rather than the surfaces, there is no need.  So,  I’m thinking commands:<br>
<br>
open 2qa0<br>
sym #0<br>
focus<br>
sel :300,600<br>
<br>
(this file doesn’t have residues 10,20,30)<br>
<br>
I think you can just use the runcommand thing to convert to python:<br>
<<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ProgrammersGuide/basicPrimer.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/<wbr>chimera/docs/ProgrammersGuide/<wbr>basicPrimer.html</a>><br>
<br>
sym:<br>
<<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/sym.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/<wbr>chimera/docs/UsersGuide/midas/<wbr>sym.html</a>><br>
<br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
----------<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.<br>
UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
> On Dec 20, 2016, at 3:39 PM, Ian Holmes <<a href="mailto:ihholmes@gmail.com">ihholmes@gmail.com</a>> wrote:<br>
><br>
> Hello Chimera gurus,<br>
><br>
> I am using multiscale models to view a virus capsid (PDB 2QA0) in Chimera. I would like to create a Python script to render the capsid as a multiscale model and then highlight (i.e. select) certain residues. However, I can't figure out the command-line syntax to create a multiscale model. The docs also suggest the Midas Python module as an alternative way of scripting Chimera in Python, but I haven't yet found that module.<br>
><br>
> Here is the rough order of what I am doing from the graphical user interface:<br>
><br>
> Open model 2QA0<br>
> Tools menu -> Higher-order structure -> Multiscale Models panel<br>
> (The following actions are all in the Multiscale Models panel)<br>
> Click "Make models" button in "Models from molecules and matrices" section<br>
> Click "All" button in "Select chains:" section<br>
> Click "Hide" button in "Act on selected chains" section, "Selected chains" subsection<br>
> Click "All" button in "Select chains:" section (again)<br>
> Select "Ribbon" from "Style" menu in "Act on selected chains" section<br>
> (then back to the main view)<br>
> Zoom out (with mouse wheel)<br>
> Favorites menu -> Command Line<br>
> Type "select :10,20,30"  (amino acids I want to highlight)<br>
><br>
><br>
> Here is what I've got so far in terms of equivalent Python code:<br>
><br>
> import os<br>
> from chimera import runCommand as rc<br>
> rc("open 2QA0")<br>
> # make multiscale model here?<br>
> rc("select :10,20,30")  # select some residues<br>
><br>
><br>
> Your help would be appreciated - thanks!<br>
> Ian<br>
><br>
><br>
</div></div><div class="HOEnZb"><div class="h5">> ______________________________<wbr>_________________<br>
> Chimera-users mailing list: <a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br>
> Manage subscription: <a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://plato.cgl.ucsf.edu/<wbr>mailman/listinfo/chimera-users</a><br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br></div></div>