<div dir="ltr">Thank you very much Elaine and Tom!<br>Ian<br><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Dec 20, 2016 at 3:56 PM, Elaine Meng <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" target="_blank">meng@cgl.ucsf.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Ian,<br>
You would use the “sym” command.  There is an option to create the multiscale-type low-resolution surfaces instead of loading all the atomic copies, but since you want ribbons rather than the surfaces, there is no need.  So,  I’m thinking commands:<br>
<br>
open 2qa0<br>
sym #0<br>
focus<br>
sel :300,600<br>
<br>
(this file doesn’t have residues 10,20,30)<br>
<br>
I think you can just use the runcommand thing to convert to python:<br>
&lt;<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ProgrammersGuide/basicPrimer.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/<wbr>chimera/docs/ProgrammersGuide/<wbr>basicPrimer.html</a>&gt;<br>
<br>
sym:<br>
&lt;<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/sym.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/<wbr>chimera/docs/UsersGuide/midas/<wbr>sym.html</a>&gt;<br>
<br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
----------<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.<br>
UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
&gt; On Dec 20, 2016, at 3:39 PM, Ian Holmes &lt;<a href="mailto:ihholmes@gmail.com">ihholmes@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
&gt;<br>
&gt; Hello Chimera gurus,<br>
&gt;<br>
&gt; I am using multiscale models to view a virus capsid (PDB 2QA0) in Chimera. I would like to create a Python script to render the capsid as a multiscale model and then highlight (i.e. select) certain residues. However, I can&#39;t figure out the command-line syntax to create a multiscale model. The docs also suggest the Midas Python module as an alternative way of scripting Chimera in Python, but I haven&#39;t yet found that module.<br>
&gt;<br>
&gt; Here is the rough order of what I am doing from the graphical user interface:<br>
&gt;<br>
&gt; Open model 2QA0<br>
&gt; Tools menu -&gt; Higher-order structure -&gt; Multiscale Models panel<br>
&gt; (The following actions are all in the Multiscale Models panel)<br>
&gt; Click &quot;Make models&quot; button in &quot;Models from molecules and matrices&quot; section<br>
&gt; Click &quot;All&quot; button in &quot;Select chains:&quot; section<br>
&gt; Click &quot;Hide&quot; button in &quot;Act on selected chains&quot; section, &quot;Selected chains&quot; subsection<br>
&gt; Click &quot;All&quot; button in &quot;Select chains:&quot; section (again)<br>
&gt; Select &quot;Ribbon&quot; from &quot;Style&quot; menu in &quot;Act on selected chains&quot; section<br>
&gt; (then back to the main view)<br>
&gt; Zoom out (with mouse wheel)<br>
&gt; Favorites menu -&gt; Command Line<br>
&gt; Type &quot;select :10,20,30&quot;  (amino acids I want to highlight)<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; Here is what I&#39;ve got so far in terms of equivalent Python code:<br>
&gt;<br>
&gt; import os<br>
&gt; from chimera import runCommand as rc<br>
&gt; rc(&quot;open 2QA0&quot;)<br>
&gt; # make multiscale model here?<br>
&gt; rc(&quot;select :10,20,30&quot;)  # select some residues<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; Your help would be appreciated - thanks!<br>
&gt; Ian<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
</div></div><div class="HOEnZb"><div class="h5">&gt; ______________________________<wbr>_________________<br>
&gt; Chimera-users mailing list: <a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br>
&gt; Manage subscription: <a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://plato.cgl.ucsf.edu/<wbr>mailman/listinfo/chimera-users</a><br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br></div></div>