<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">Hi David,<div class=""><br class=""></div><div class="">&nbsp; If this is a single-particle reconstruction where icosahedral symmetry was imposed on the map you'll want to apply exactly that symmetry to the molecule. &nbsp;The two things you need to know are the grid point that is the center of symmetry, and the orientation of the icosahedral axes (e.g. 2-folds along x,y,z, or 5-fold along z, ...). &nbsp;It is unfortunate that this information is not stored with single particle maps, so you often have to deduce it. &nbsp;Here's my usual approach. &nbsp;I use the Chimera Icosahedron Surface tool (menu Tools / Higher-Order Structure) which shows an icosahedron superimposed on your map. &nbsp;If it is not centered on the map I adjust the map center using the volume viewer dialog menu Features / Coordinates and adjust Origin Index usually to the midpoint of the box (if grid size is 500, I try 250 for the center index, or it could be 249). &nbsp;I adjust the radius of the icosahedron using the icosahedron tool so it matches the map. &nbsp;Then I try the different Orientation settings in the icosahedron tool to find the one that matches the icosahedral symmetry of the map (5-folds match with 5-folds, 3-folds match with 3-folds...). &nbsp;Once you have that and you have a copy of your molecule #1 docked with the map #0 with the map origin set to center of symmetry you can use the sym command to make copies, for example,&nbsp;</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>sym #1 group i,222r center 0,0,0 coordinateSystem #0</div><div class=""><br class=""></div><div class="">&nbsp; Tom</div><div class=""><br class=""><div><blockquote type="cite" class=""><div class="">On Dec 8, 2016, at 12:16 AM, Haselbach, David &lt;<a href="mailto:david.haselbach@mpibpc.mpg.de" class="">david.haselbach@mpibpc.mpg.de</a>&gt; wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><div class="WordSection1" style="page: WordSection1; font-family: Helvetica; font-size: 18px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;"><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">Hi everyone,<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><o:p class=""></o:p></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><o:p class="">&nbsp;</o:p></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span lang="EN-US" class="">sorry to ask such a basic question. I have a cryo EM density map 3.2 A of a icosahedral molecule and I already build the model of the monomer. I would like to place the remaining 59 copies and calculate the BioMT matrix for it. I started playing around with the sym command, but I couldn’t get it working nicely. It’s probably a problem of the coordinate system, but I couldn’t figure it out. Than I thought there must be an automatic way and I tried Multifit but also this failed me miserably as the runs fail continuously with “stderr”. &nbsp;So I was wondering is there a protocol to do this?<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span lang="EN-US" class=""><o:p class="">&nbsp;</o:p></span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span lang="EN-US" class="">Already thank you for any suggestions,<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><br class=""><br class="">David<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span lang="EN-US" class=""><o:p class="">&nbsp;</o:p></span></div><div style="border-style: none none solid; border-bottom-color: windowtext; border-bottom-width: 1pt; padding: 0cm 0cm 1pt;" class=""><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; border: none; padding: 0cm;" class=""><span lang="EN-US" class=""><o:p class="">&nbsp;</o:p></span></div></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span lang="EN-US" class="">Dr. David Haselbach<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span lang="EN-US" class="">Max-Planck-Institute for biophysical Chemistry<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span lang="EN-US" class="">Department for structural Dynamics<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span lang="EN-US" class="">Am Fassberg 11<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span lang="EN-US" class="">37077 Ger</span><span class="">many<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span class="">Tel. +495512011302<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><o:p class="">&nbsp;</o:p></div></div><span style="font-family: Helvetica; font-size: 18px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; float: none; display: inline !important;" class="">_______________________________________________</span><br style="font-family: Helvetica; font-size: 18px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class=""><span style="font-family: Helvetica; font-size: 18px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; float: none; display: inline !important;" class="">Chimera-users mailing list:<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></span><a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline; font-family: Helvetica; font-size: 18px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br style="font-family: Helvetica; font-size: 18px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class=""><span style="font-family: Helvetica; font-size: 18px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; float: none; display: inline !important;" class="">Manage subscription:<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></span><a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline; font-family: Helvetica; font-size: 18px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a></div></blockquote></div><br class=""></div></body></html>