<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">Hi Soumya,<div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>Depends on your familiarity with Python really. &nbsp;If you don’t know Python well then it might be easier to parse the reply log. &nbsp;If you have some familiarity with Python then you would use the Python equivalents of the angle/distance commands to get the values and write them to a file (runCommand never returns a value itself).</div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>In Python, you could use runCommand to select the atoms you want to measure and then:</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><u class="">Outside the loop</u></div><div class="">from Midas import distance, angle</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><u class="">Inside the loop, either</u></div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>d = distance()</div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>… write the distance to a file...</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><u class="">or</u></div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>a = angle()</div><div class=""><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;">        </span>… write the angle to a file...</div></div><div class=""><br class=""></div><div class="">—Eric</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><br class=""><div class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class=""><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;">        </span>Eric Pettersen</div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;">        </span>UCSF Computer Graphics Lab</div><div class=""><br class=""></div></div><br class="Apple-interchange-newline"><br class="Apple-interchange-newline">

</div>
<br class=""><div><blockquote type="cite" class=""><div class="">On Dec 1, 2016, at 12:15 PM, Soumya Govinda Remesh &lt;<a href="mailto:sgremesh@lbl.gov" class="">sgremesh@lbl.gov</a>&gt; wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><div dir="ltr" class="">Hello,<div class=""><br class=""></div><div class="">&nbsp;I have just modified the loop script available here (<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ProgrammersGuide/basicPrimer.html" class="">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ProgrammersGuide/basicPrimer.html</a>)&nbsp;</div><div class="">to measure certain angles and distances. I just want to know if there is a way to export the individual values of angles and distances to a file other than parsing from the reply-log. Thank you.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Best, &nbsp;<div class="gmail_signature"><div dir="ltr" class="">Soumya Govinda Remesh, Ph.D.<div class=""><span style="font-size:12.8px" class="">Postdoctoral Fellow at Advanced Light Source</span><br style="font-size:12.8px" class=""><span style="font-size:12.8px" class="">Lawrence Berkeley National Laboratory</span><br style="font-size:12.8px" class=""><br style="font-size:12.8px" class=""><span style="font-size:12.8px" class="">1 Cyclotron Road&nbsp; &nbsp;MS 6R2100</span><br style="font-size:12.8px" class=""><span style="font-size:12.8px" class="">Berkeley, CA 94720</span><br style="font-size:12.8px" class=""><span style="font-size:12.8px" class="">(phone)&nbsp;</span><a href="tel:510-495-8179" value="+15104958179" style="color:rgb(17,85,204);font-size:12.8px" target="_blank" class="">510-495-8179</a><br style="font-size:12.8px" class=""><span style="font-size:12.8px" class="">(cell)&nbsp;804-402-8730</span></div><div class=""><br style="font-size:12.8px" class=""><a href="mailto:sgremesh@lbl.gov" target="_blank" class="">sgremesh@lbl.gov</a><br class=""><div class=""><br class=""></div></div></div></div>
</div></div>
_______________________________________________<br class="">Chimera-users mailing list: <a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" class="">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br class="">Manage subscription: <a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" class="">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br class=""></div></blockquote></div><br class=""></div></body></html>