<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">I don’t understand your question. &nbsp;What do you mean by the “coordinates of the unit cell”? &nbsp;Do you mean atom coordinates? &nbsp;cell axis vectors? &nbsp;How will you use this?<div class=""><br class=""></div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>Tom</div><div class=""><br class=""><div><blockquote type="cite" class=""><div class="">On Dec 1, 2016, at 11:56 AM, Neha Gandhi &lt;<a href="mailto:n.gandhiau@gmail.com" class="">n.gandhiau@gmail.com</a>&gt; wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><div dir="ltr" class=""><div class=""><div class=""><div class="">Thank you Tom for your email.<br class=""><br class=""></div>My apologies that my knowledge on microscopy structures is limited. I have a trivial question. Is there a way to extract the coordinates of the unit cell in Chimera rather than working with this 4 times long molecule? If I can do this then it will be easy to make copies or use contacts to get the neighboring molecules.<br class=""><br class=""></div>Many thanks,<br class=""></div>Neha<br class=""></div><div class="gmail_extra"><br class=""><div class="gmail_quote">On 2 December 2016 at 05:04, Tom Goddard <span dir="ltr" class="">&lt;<a href="mailto:goddard@sonic.net" target="_blank" class="">goddard@sonic.net</a>&gt;</span> wrote:<br class=""><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word" class="">Hi Neha,<div class=""><br class=""></div><div class="">&nbsp; The space group for 3HR2 is P1 which means the unit cell contains only one copy.&nbsp; This is reported by the Chimera Unit Cell tool (menu Tools / Higher-Order Structure / Unit Cell).&nbsp; To show multiple copies press the Options button on the Unit Cell dialog and change Number of Cells from 1 1 1 to say 2 2 2 and press Make Copies to get molecule copies in a 2 by 2 by 2 grid of unit cells.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">&nbsp; It sounds like you also want the Unit Cell outline box to have corner at (0,0,0) and that is not what happens.&nbsp; Instead it shows another unit cell outline that contains the center of the molecule.&nbsp; This bizarre structure is 4 times longer than the unit cell so the center likes in a unit cell that does not have corner at (0,0,0).&nbsp; Unfortnately the tool does not let you show other unit cell outlines, just this one centered at the molecule.&nbsp; If you absolutely had to get a different unit cell outline you could try to translate the outline model by multiples of the unit cell axes vectors.&nbsp; But you would need the coordinates of those vectors which would be somewhat tricky to get since the cell is skewed.</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><span class="m_-5105059829711445376Apple-tab-span" style="white-space:pre-wrap">        </span>Tom</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><br class=""></div><div class=""><br class=""><div class=""><blockquote type="cite" class=""><div class=""><div class="h5"><div class="">On Nov 30, 2016, at 11:04 PM, Neha Gandhi wrote:</div><br class="m_-5105059829711445376Apple-interchange-newline"></div></div><div class=""><div class=""><div class="h5"><div dir="ltr" class=""><div class="">Hi Elaine,<br class=""><br class=""></div>I have tried to look at the unit cell information of pdb Id :3HR2. It is a fiber diffraction structure of collagen with only CA coordinates. I tried using different programs like VMD to visualise unit cell, the unit cell is at the&nbsp; beginning of N terminus in agreement with experimental paper. Whereas in Chimera it is not the case. How can I visualize the unit cell of 3HR2 structure in Chimera and also number of molecules within one unit cell?<br class=""><div class=""><br class=""></div><div class="">Many thanks,<br class=""></div><div class="">Neha<br clear="all" class=""></div><div class=""><div class=""><br class="">-- <br class=""><div class="m_-5105059829711445376gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr" class=""><div class="">Regards,<br class=""><span style="color:rgb(51,51,51)" class="">Dr. Neha S. Gandhi,<br class="">Vice Chancellor's Research Fellow,<br class="">Queensland University of Technology,<br class=""></span></div><div class=""><span style="color:rgb(51,51,51)" class="">2 George Street, Brisbane, QLD 4000<br class=""></span></div><div class=""><span style="color:rgb(51,51,51)" class="">Australia</span><br class=""><a class="">LinkedIn</a><br class=""><a class="">Research Gate</a><br class=""><div style="padding:0px;margin-left:0px;margin-top:0px;overflow:hidden;word-wrap:break-word;font-size:10px;text-align:left;line-height:130%" class=""></div></div></div></div>
</div></div></div></div></div>
______________________________<wbr class="">_________________<br class="">Chimera-users mailing list: <a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank" class="">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br class="">Manage subscription: <a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" target="_blank" class="">http://plato.cgl.ucsf.edu/<wbr class="">mailman/listinfo/chimera-users</a><br class=""></div></blockquote></div><br class=""></div></div></blockquote></div><br class=""><br clear="all" class=""><br class="">-- <br class=""><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr" class=""><div class="">Regards,<br class=""><span style="color:rgb(51,51,51)" class="">Dr. Neha S. Gandhi,<br class="">Vice Chancellor's Research Fellow,<br class="">Queensland University of Technology,<br class=""></span></div><div class=""><span style="color:rgb(51,51,51)" class="">2 George Street, Brisbane, QLD 4000<br class=""></span></div><div class=""><span style="color:rgb(51,51,51)" class="">Australia</span><br class=""><a class="">LinkedIn</a><br class=""><a class="">Research Gate</a><br class=""><div style="padding: 0px; margin-left: 0px; margin-top: 0px; overflow: hidden; word-wrap: break-word; font-size: 10px; text-align: left; line-height: 130%;" class=""></div></div></div></div>
</div>
_______________________________________________<br class="">Chimera-users mailing list: <a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" class="">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br class="">Manage subscription: <a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" class="">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br class=""></div></blockquote></div><br class=""></div></body></html>