<html><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">If you really did want to compare the conformations with RR distance maps, however, superimposing the structures is not necessary since only the intra-structure distances are involved. &nbsp;You would just start RR Distance Maps, choose both structures in the “Chains” area of the dialog, &nbsp;choose the “Difference” option and then click “Calculate Map.”<div class=""><br class=""></div><div class="">Then you can see intra-protein distances that are longer in one structure as one color and intra-protein distances that are longer in the other structure as the other color. &nbsp;The “Export…” button allows writing out values to plot in some other program.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">For example, here is an RRDistMaps “Distances” plot comparing 2fw0 and 2gbp:</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><img height="467" width="400" apple-width="yes" apple-height="yes" apple-inline="yes" id="2F4252B0-276D-4A67-8808-78DB7F178216" src="cid:7297B247-A600-41CE-A140-D069126A8F9F@compbio.ucsf.edu" class=""></div><div class=""><br class=""></div><div class="">Here is the result from what I described in the previous email message, CA-CA distance histogram (“RMSD:ca”) for 2gbp and 2fw0 after they were superimposed with MatchMaker.</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><img height="292" width="500" apple-width="yes" apple-height="yes" apple-inline="yes" id="8E4E0341-BF73-410F-86AA-5A768D440C96" src="cid:57F031D6-2F36-4D5F-B40E-E92AA67CFF12@compbio.ucsf.edu" class=""></div><div class=""><br class=""><div class=""><br class=""><blockquote type="cite" class="">On Nov 30, 2016, at 1:24 PM, Elaine Meng &lt;<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" class="">meng@cgl.ucsf.edu</a>&gt; wrote:<br class=""><br class="">Hi Luca,<br class="">RR distance plots show intra-protein distances, between pairs of residues in the same structure (although they can be compared&nbsp;amongst different structures).<br class=""><br class="">It sounds like you want a plot of the distances between the same (or corresponding) residues in two different proteins. &nbsp;Iif they have&nbsp;the same sequence or similar sequences, you can just associate both structures with either sequence. Then CA RMSD can be&nbsp;shown as a histogram over the sequence and the values can be saved, or shown with color, worm fatness, etc. If there are only&nbsp;two structures, the CA RMSD is simply the CA-CA distance between them.<br class=""><br class="">(1) open both structures, superimpose them however you like (many ways in Chimera)<br class="">&lt;<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/superposition.html" class="">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/superposition.html</a>&gt;<br class=""><br class="">(2) show sequence of either one, doesn’t matter which (menu: Favorites… Sequence)<br class=""><br class="">(3) associate both structures with that sequence using sequence-window menu: Structures… Associations<br class=""><br class="">(4) show CA RMSD histogram above sequence using sequence-window menu: Headers… RMSD: ca. &nbsp;That is the only plot of&nbsp;these values directly available in Chimera, but you can write out the values as described below and use some other plotting&nbsp;method.<br class=""><br class="">(5) with the Render by Attribute tool (in menu under Tools… Depiction), you can show the residue-attribute “mavRMSDca” values&nbsp;with color and/or worms on either structure, or write out values with its menu: File… Save Attributes<br class=""><br class="">I hope this helps,<br class="">Elaine<br class="">----------<br class="">Elaine C. Meng, Ph.D.&nbsp;<br class="">UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br class="">Department of Pharmaceutical Chemistry<br class="">University of California, San Francisco<br class=""><br class=""><br class=""><blockquote type="cite" class="">On Nov 30, 2016, at 10:49 AM, Luca Pellegrini &lt;<a href="mailto:lp212@cam.ac.uk" class="">lp212@cam.ac.uk</a>&gt; wrote:<br class=""><br class="">Hi,<br class="">I have superimposed two structures of the same protein in two different conformations, and now I would like to calculate a plot of&nbsp;the distances between alpha carbons for each residue in the two conformations, to quantify the relative movement of different&nbsp;domains in the protein structure. Can anyone please explain a simple way of doing this in Chimera? &nbsp;Apologies if I missed&nbsp;something obvious, I tried 'RR distance maps' but couldn’t figure out how to do this simple task.&nbsp;<br class=""><br class="">Best regards,<br class="">Luca<br class=""><br class=""></blockquote><br class="">_______________________________________________<br class="">Chimera-users mailing list: <a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" class="">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br class="">Manage subscription: <a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" class="">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br class=""><br class=""></blockquote><br class=""></div></div></body></html>