<div dir="ltr"><div><div><div><div>Hi All<br><br></div>I am interested to measure the angle between chain A and chain B of heterodimer, and both sequence identity is around 14%. I can measure the angle by selecting 3 atoms on chain A and chain B but this is bias because, if I change the residues then the angle will be different.<br></div><br></div>I can also measure by structure measurement options and defining the axes and all the create axes for all the helices in the chain A and chain B and measure the angle between two helices on chain A and chain B. I am not sure if its a right way to claim the angle between chain A and chain B in one PDB file. <br><br></div>I also try to use the <br><pre>&quot;match :<a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users">.A at CA</a> :<a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users">.B at CA</a> move false show true&quot;<br><br></pre><pre>But it gives the rotation angle. As I am comparing the different homologous structureswhere chain B shows more identity but the each structure have a different state giving a unique angle between chains.<br><br></pre><pre>What can be best option to measure this???<br></pre><pre>best<br><br></pre><pre>Jiri<br></pre></div>