<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-2">
<meta name="Generator" content="Microsoft Word 14 (filtered medium)">
<style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:11.0pt;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        mso-fareast-language:EN-US;}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
span.EmailStyle17
        {mso-style-type:personal-compose;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:windowtext;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        mso-fareast-language:EN-US;}
@page WordSection1
        {size:8.5in 11.0in;
        margin:70.85pt 70.85pt 70.85pt 70.85pt;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
--></style><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapelayout v:ext="edit">
<o:idmap v:ext="edit" data="1" />
</o:shapelayout></xml><![endif]-->
</head>
<body lang="CS" link="blue" vlink="purple">
<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal">Hello,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">I have a path (chain of heteroatoms with defined radii, see below) forming a pore in a protein. I would like to create an envelope (surface view) to illustrate the 3D path within the protein. My problem is that Chimera uses default vdw
 value and not the values I defined. Therefore, the &#8222;pore&#8220; has a constant diameter.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">According to <a href="https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/render/render.html#render">
https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/render/render.html#render</a> , I tried &#8222;Render by Attribute &nbsp;- Occupancy &#8211; Radii&#8220;. I assumed that the VDW values are rendered for each HETATM according to the input, but it seems that the VDW values
 are sorted (smallest &gt; largest) and then applied on the chain starting from #1. Therefore, it creates kind of a funnel structure.
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">Could you please suggest how to create this tunnel with variable width? Thank you.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">Best,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Ondrej<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">REMARK ATOM&nbsp; NAM RES&nbsp;&nbsp; TUNID&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; X&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Y&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Z&nbsp;&nbsp;&nbsp; Distnm RadiusA
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; X&nbsp;&nbsp; TUN T&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -45.770 -35.888&nbsp; -4.154&nbsp; 0.00&nbsp; 2.01&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp; X&nbsp;&nbsp; TUN T&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -45.766 -35.893&nbsp; -4.132&nbsp; 0.02&nbsp; 2.03&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp; X&nbsp;&nbsp; TUN T&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -45.762 -35.897&nbsp; -4.111&nbsp; 0.04&nbsp; 2.11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp; X&nbsp;&nbsp; TUN T&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -45.759 -35.901&nbsp; -4.091&nbsp; 0.07&nbsp; 2.16&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp; X&nbsp;&nbsp; TUN T&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -45.756 -35.903&nbsp; -4.073&nbsp; 0.08&nbsp; 2.14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp; X&nbsp;&nbsp; TUN T&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -45.755 -35.903&nbsp; -4.057&nbsp; 0.10&nbsp; 2.17&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp; X&nbsp;&nbsp; TUN T&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -45.756 -35.901&nbsp; -4.045&nbsp; 0.11&nbsp; 2.10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp; X&nbsp;&nbsp; TUN T&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -45.758 -35.896&nbsp; -4.037&nbsp; 0.12&nbsp; 2.01&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp; X&nbsp;&nbsp; TUN T&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -45.763 -35.888&nbsp; -4.032&nbsp; 0.13&nbsp; 2.01&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">HETATM&nbsp;&nbsp; 10&nbsp; X&nbsp;&nbsp; TUN T&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -45.770 -35.876&nbsp; -4.033&nbsp; 0.15&nbsp; 2.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">HETATM&nbsp;&nbsp; 11&nbsp; X&nbsp;&nbsp; TUN T&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -45.779 -35.861&nbsp; -4.037&nbsp; 0.16&nbsp; 1.99&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">HETATM&nbsp;&nbsp; 12&nbsp; X&nbsp;&nbsp; TUN T&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -45.787 -35.843&nbsp; -4.039&nbsp; 0.18&nbsp; 1.97&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">HETATM&nbsp;&nbsp; 13&nbsp; X&nbsp;&nbsp; TUN T&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -45.794 -35.822&nbsp; -4.034&nbsp; 0.21&nbsp; 1.95&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">HETATM&nbsp;&nbsp; 14&nbsp; X&nbsp;&nbsp; TUN T&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -45.796 -35.800&nbsp; -4.017&nbsp; 0.23&nbsp; 1.93&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">HETATM&nbsp;&nbsp; 15&nbsp; X&nbsp;&nbsp; TUN T&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -45.792 -35.777&nbsp; -3.984&nbsp; 0.27&nbsp; 1.92&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
<o:p></o:p></p>
</div>
<br>
<hr align="left" style="margin-left:0;text-align:left;width:50%;height:1px;background-color:gray;border:0px;">
<font style="color:gray;" size="-1">This email was scanned by Bitdefender</font> <br>
<br>
<div>
<p style="font-size:8pt; font-family:Arial, Helvetica, sans-serif">Upozornění: Není-li v této zprávě výslovně uvedeno jinak, má tato E-mailová zpráva nebo její přílohy pouze informativní charakter. Tato zpráva ani její přílohy v žádném ohledu Fyziologický ústav
 AV ČR, v. v. i. k ničemu nezavazují. Text této zprávy nebo jejích příloh není návrhem na uzavření smlouvy, ani přijetím případného návrhu na uzavření smlouvy, ani jiným právním jednáním směřujícím k uzavření jakékoliv smlouvy a nezakládá předsmluvní odpovědnost
 Fyziologického ústavu AV ČR, v. v. i. <br>
<br>
Disclaimer: If not expressly stated otherwise, this e-mail message (including any attached files) is intended purely for informational purposes and does not represent a binding agreement on the part of Institute of Physiology CAS. The text of this message and
 its attachments cannot be considered as a proposal to conclude a contract, nor the acceptance of a proposal to conclude a contract, nor any other legal act leading to concluding any contract; nor does it create any pre-contractual liability on the part of
 Institute of Physiology CAS. </p>
</div>
</body>
</html>