<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=Windows-1252">
<meta name="Generator" content="Microsoft Exchange Server">
<!-- converted from text --><style><!-- .EmailQuote { margin-left: 1pt; padding-left: 4pt; border-left: #800000 2px solid; } --></style>
</head>
<body>
<meta content="text/html; charset=UTF-8">
<style type="text/css" style="">
<!--
p
        {margin-top:0;
        margin-bottom:0}
-->
</style>
<div dir="ltr">
<div id="x_divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="font-size:12pt; color:#000000; font-family:'Times New Roman',Times,serif">
<p>Thanks a lot.</p>
<p>I have got the product key and installed modeller.</p>
<p>I will try the way you suggested.</p>
<p>It was really helpful.</p>
<div id="x_Signature">
<div name="x_divtagdefaultwrapper" style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif; font-size:; margin:0">
<div style="font-family:Tahoma; font-size:13px">
<div style="font-family:Tahoma; font-size:13px"><font face="Times New Roman" size="3"><font face="Times New Roman" size="3">
<p class="x_MsoNormal"><font color="000000"><span style="font-size:24.0pt; line-height:115%; font-family:&quot;Brush Script MT&quot;"><br>
</span></font></p>
<p class="x_MsoNormal"><font color="000000"><span style="font-size:24.0pt; line-height:115%; font-family:&quot;Brush Script MT&quot;">Tanzila Islam</span></font></p>
Graduate Student<br>
Washington State University</font></font><br>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<hr tabindex="-1" style="display:inline-block; width:98%">
<div id="x_divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" color="#000000" style="font-size:11pt"><b>From:</b> Elaine Meng &lt;meng@cgl.ucsf.edu&gt;<br>
<b>Sent:</b> Thursday, November 17, 2016 3:38:12 PM<br>
<b>To:</b> Islam, Tanzila<br>
<b>Cc:</b> chimera-users@cgl.ucsf.edu BB<br>
<b>Subject:</b> Re: [Chimera-users] Mutation in Chimera</font>
<div>&nbsp;</div>
</div>
</div>
<font size="2"><span style="font-size:10pt;">
<div class="PlainText">What????&nbsp; those are not the links I sent…. I have no idea what is wrong with your email, but the links were fine in the copy of the mail that I received.<br>
<br>
I&nbsp; was about to send another link that contains the original posting from me, but now I’m afraid something will go crazy along the way.&nbsp; Hmm.<br>
<br>
OK, try this, how to get the page with that original posting.&nbsp; Go to UCSF Chimera homepage (you can google “ucsf chimera&quot;.&nbsp; Then near the bottom of the lefthand Quick Links section, click the “Contact Us” link.&nbsp; Then click the link to “view” the whole archive
 of chimera-users.&nbsp; Then click Thread in the November 2016 row, then scroll down to my first reply to you, and click to view it.&nbsp; In that page, I see the links just as I sent them, and when I click them they go to the correct places.<br>
<br>
Elaine<br>
<br>
<br>
&gt; On Nov 17, 2016, at 2:46 PM, Islam, Tanzila &lt;tanzila.islam@wsu.edu&gt; wrote:<br>
&gt; <br>
&gt; Thanks a lot for your email. But the 2 links you gave are not working and leading to the same page named 'Red Angus Society'.<br>
&gt; Is this the correct site?<br>
&gt; <br>
&gt; Tanzila Islam<br>
&gt; Graduate Student<br>
&gt; Washington State University<br>
&gt; From: Elaine Meng &lt;meng@cgl.ucsf.edu&gt;<br>
&gt; Sent: Thursday, November 17, 2016 2:08:16 PM<br>
&gt; To: Islam, Tanzila<br>
&gt; Cc: chimera-users@cgl.ucsf.edu<br>
&gt; Subject: Re: [Chimera-users] Mutation in Chimera<br>
&gt;&nbsp; <br>
&gt; Hi Tanzila Islam,<br>
&gt; To add more residues instead of just changing the residues that are already in the structure, probably the best way is to use the Modeller interface of Chimera.&nbsp; This runs a Modeller web service, for which you have to register to get a “license key” to enter
 into the dialog … this is free for noncommercial users, but it may take a while for them to respond with the key.&nbsp; To get the key, see:<br>
&gt; &lt;<a href="https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=http-3A__www.rbvi.ucsf.edu_chimera_docs_ContributedSoftware_multalignviewer_modeller.html-23modeller-2Dlicense&amp;d=DgIF-g&amp;c=C3yme8gMkxg_ihJNXS06ZyWk4EJm8LdrrvxQb-Je7sw&amp;r=zA9st_jbqMZ-6qaduW-fZ6ZgnxlqIQlkWFNGnI1qgus&amp;m=qnzukRr71oE5Ot_xJugoDK0hgwfxK0qI7QPmc0Xates&amp;s=V51J9advE8qkJUtFSQ9Yx1k6yK_iOdgZx6gREEKVuIs&amp;e=">https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=http-3A__www.rbvi.ucsf.edu_chimera_docs_ContributedSoftware_multalignviewer_modeller.html-23modeller-2Dlicense&amp;d=DgIF-g&amp;c=C3yme8gMkxg_ihJNXS06ZyWk4EJm8LdrrvxQb-Je7sw&amp;r=zA9st_jbqMZ-6qaduW-fZ6ZgnxlqIQlkWFNGnI1qgus&amp;m=qnzukRr71oE5Ot_xJugoDK0hgwfxK0qI7QPmc0Xates&amp;s=V51J9advE8qkJUtFSQ9Yx1k6yK_iOdgZx6gREEKVuIs&amp;e=</a>&gt;<br>
&gt; <br>
&gt; After you get the key, then the steps would be:<br>
&gt; <br>
&gt; (1) make a sequence file (plain text file in FASTA format) containing the sequence that you want, including the insertion, and open it in Chimera.&nbsp; The filename should end in “.fa” to indicate the format.&nbsp; The sequence will appear in a separate Chimera window.<br>
&gt; <br>
&gt; (2) make sure the sequence is associated with your starting structure.&nbsp; It will probably happen automatically when both the sequence and structure are opened in Chimera.&nbsp; You can check by seeing if the sequence window menu: &quot;Structure… Modeller (loops/refinement)”&nbsp;
 is grayed out.&nbsp; If it is grayed out,&nbsp; use sequence window menu: “Structure… Associations” to manually associate the structure with the sequence.&nbsp;
<br>
&gt; <br>
&gt; (3) Choose sequence window menu: &quot;Structure… Modeller (loops/refinement)”&nbsp;&nbsp; and in the resulting dialog choose to model “non-terminal missing structure” or “all missing structure” … doesn’t matter which one of those since you are modeling an insertion.&nbsp; For
 information on the options in that dialog, see:<br>
&gt; &lt;<a href="https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=http-3A__www.rbvi.ucsf.edu_chimera_docs_ContributedSoftware_multalignviewer_modeller.html-23building&amp;d=DgIF-g&amp;c=C3yme8gMkxg_ihJNXS06ZyWk4EJm8LdrrvxQb-Je7sw&amp;r=zA9st_jbqMZ-6qaduW-fZ6ZgnxlqIQlkWFNGnI1qgus&amp;m=qnzukRr71oE5Ot_xJugoDK0hgwfxK0qI7QPmc0Xates&amp;s=CVGkyCc5pUx7kCxie2lSflYKg3LlbbIxPJcq_oOL5OY&amp;e=">https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=http-3A__www.rbvi.ucsf.edu_chimera_docs_ContributedSoftware_multalignviewer_modeller.html-23building&amp;d=DgIF-g&amp;c=C3yme8gMkxg_ihJNXS06ZyWk4EJm8LdrrvxQb-Je7sw&amp;r=zA9st_jbqMZ-6qaduW-fZ6ZgnxlqIQlkWFNGnI1qgus&amp;m=qnzukRr71oE5Ot_xJugoDK0hgwfxK0qI7QPmc0Xates&amp;s=CVGkyCc5pUx7kCxie2lSflYKg3LlbbIxPJcq_oOL5OY&amp;e=</a>&gt;<br>
&gt; <br>
&gt; I hope this helps,<br>
&gt; Elaine<br>
&gt; ----------<br>
&gt; Elaine C. Meng, Ph.D. <br>
&gt; UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>
&gt; Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
&gt; University of California, San Francisco<br>
&gt; <br>
&gt; <br>
&gt; &gt; On Nov 17, 2016, at 10:59 AM, Islam, Tanzila &lt;tanzila.islam@wsu.edu&gt; wrote:<br>
&gt; &gt; <br>
&gt; &gt; Hi<br>
&gt; &gt; I am learning Chimera and I have gone through soe online tutorials. The tutorials showed how to introduce point mutation by Rotamers command. But it only allows to replace 1 ammino acid residue at a time.<br>
&gt; &gt; <br>
&gt; &gt; I want to insert 4-5 ammino acid residues in a gap of a sequence. Is there any standard procedure, command in Chimera that will let me do this type of residue insertion? This is really crucial for my research work.<br>
&gt; &gt; Thanks<br>
&gt; &gt; Tanzila Islam<br>
&gt; &gt; Graduate Student<br>
&gt; &gt; Washington State University<br>
&gt; <br>
&gt; _______________________________________________<br>
&gt; Chimera-users mailing list: Chimera-users@cgl.ucsf.edu<br>
&gt; Manage subscription: <a href="https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=http-3A__plato.cgl.ucsf.edu_mailman_listinfo_chimera-2Dusers&amp;d=DgIF-g&amp;c=C3yme8gMkxg_ihJNXS06ZyWk4EJm8LdrrvxQb-Je7sw&amp;r=zA9st_jbqMZ-6qaduW-fZ6ZgnxlqIQlkWFNGnI1qgus&amp;m=V7gNAHcXYyLZHdNkWKzJg7CKyQr1m_adARhZNTmJyzg&amp;s=XF-S0xMZ1lwFch0QliklN0PEJwRSLsKlxTKUJOkPSyY&amp;e=">
https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=http-3A__plato.cgl.ucsf.edu_mailman_listinfo_chimera-2Dusers&amp;d=DgIF-g&amp;c=C3yme8gMkxg_ihJNXS06ZyWk4EJm8LdrrvxQb-Je7sw&amp;r=zA9st_jbqMZ-6qaduW-fZ6ZgnxlqIQlkWFNGnI1qgus&amp;m=V7gNAHcXYyLZHdNkWKzJg7CKyQr1m_adARhZNTmJyzg&amp;s=XF-S0xMZ1lwFch0QliklN0PEJwRSLsKlxTKUJOkPSyY&amp;e=</a>
<br>
<br>
</div>
</span></font>
</body>
</html>