<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class=""><div><blockquote type="cite" class=""><div class="">On Nov 9, 2016, at 2:49 PM, Elaine Meng &lt;<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" class="">meng@cgl.ucsf.edu</a>&gt; wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><span style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; float: none; display: inline !important;" class="">The warning is what I mentioned, that the surface calculation may fail on some trajectory frames, and thus I would not use the values from those frames.</span><br style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class=""></div></blockquote></div><br class=""><div class="">The specific warning you sent means that Chimera couldn’t compute the surface that includes interior voids, but only could compute the outer surface. &nbsp;This might be good enough for your purpose.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">—Eric</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><div class=""><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class=""><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;">        </span>Eric Pettersen</div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;">        </span>UCSF Computer Graphics Lab</div><div class=""><br class=""></div></div><br class="Apple-interchange-newline"><br class="Apple-interchange-newline"></div><br class=""><div><blockquote type="cite" class=""></blockquote></div></div></body></html>