<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
Hi everyone,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I’ve been struggling with getting the structure surface of my molecule shown (actions &nbsp;surface - show). Even after going through a list of suggestions of how to overcome this problem (e.g.
<a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/surfprobs.html" class="">
http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/surfprobs.html</a> ), I can’t get all needed surfaces displayed.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Some other .pdb files work without a problem, but mine doesn’t or just works partially (e.g. just one chain instead of all chains), without seeing any apparent differences in the .pdb files or molecule sizes.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">A while ago I did not encounter this problem (using the same molecule/file), so is this maybe a chimera version problem?&nbsp;</div>
<div class="">Or do the .pdb files have to be in a certain format?</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I usually get the following errors:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">
<div class="">&quot;Surface calculation failed, mscalc returned code 2.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Surface calculation frequently fails for large, multi-chain structures. The calculation may be successful if the chains are treated individually, by using the &quot;split&quot; command before generating a surface. &nbsp;If splitting is not desired or the structure
 is already a single chain, changing molecular surface parameters in the Selection Inspector or (before surface creation) the New Surfaces category of Preferences may allow the calculation to succeed. More details are given at</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/surfprobs.html" class="">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/surfprobs.html</a>”</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">My main use of surfaces in chimera is to display electrostatic potential files (or hydrophobicity plots) calculated in APBS and others. I’m using Chimera v1.9 on a Mac (but I had the same problems on a Linux workstation).</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I'd appreciate any feedback or reply!</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Many thanks for your help,</div>
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Sarah</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<br class="">
<br class="">
<div apple-content-edited="true" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
…………………………………………………………………..</div>
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
Sarah Piper, PhD student</div>
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
University of Queensland, St Lucia, 4072 QLD, Australia</div>
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<br class="">
</div>
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
Phone: &#43;61 7 3346 2325<br class="">
Email: <a href="mailto:sarah.piper@uq.edu.au" class="">sarah.piper@uq.edu.au</a><br class="">
<br class="">
<br class="">
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<br class="">
</body>
</html>