<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii">
</head>
<body style="font-size: 10pt; font-family: Verdana,Geneva,sans-serif">
<style type="text/css" style="display:none;"><!-- P {margin-top:0;margin-bottom:0;} --></style>
<div id="divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;" dir="ltr">
<p></p>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 16px; margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">
Bahareh,</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 16px; margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 16px; margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">
Unfortunately, the GUIs for SSEHunter and SSEBuilder in Chimera are no longer supported, though I do&nbsp;have a version of the old&nbsp;AIRS plugins&nbsp;that is compatible with&nbsp;EMAN2 and the latest stable release of&nbsp;Chimera&nbsp;<span style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 16px;">(a
 bit buggy, however)</span>. A few years ago, we&nbsp;transitioned our SSE detection into Gorgon, our own toolkit for modeling and&nbsp;analysis of intermediate resolution density maps.&nbsp;<span style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 16px;">You
 can&nbsp;access&nbsp;<span style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 16px;">step-by-step tutorials and videos on our&nbsp;</span>Gorgon webpage (</span><a href="http://gorgon.wustl.edu/" class="OWAAutoLink" id="LPlnk788380" previewremoved="true" style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 16px;">http://gorgon.wustl.edu/</a><span style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 16px;">)&nbsp;</span><span style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 16px;">or
 from the EMAN&nbsp;2015&nbsp;workshop&nbsp;page&nbsp;(</span><a href="http://ncmi.bcm.edu/ncmi/events/workshops/workshops_145" class="OWAAutoLink" id="LPlnk451390" previewremoved="true" style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 16px;">http://ncmi.bcm.edu/ncmi/events/workshops/workshops_145</a><span style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 16px;">)</span><span style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 16px;">.
 Additionally, we have a new version of Gorgon that should be released by the end of 2016, which in addition to the Gorgon UI, also has command-line utilities and a new Chimera&nbsp;plugin for a subset of the Gorgon utilities (including SSE detection with SSEHunter).</span></div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 16px; margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 16px; margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">
Currently,&nbsp;SSE detection in Gorgon is divided up into 2 parts. The first part consists of several steps that generate a set of pseudoatoms, which are scored depending on their likelihood of being part of a helix or part of a sheet. In Gorgon, these pseudoatoms
 are colored from red (helix) to white (no SSE assignment) to blue (sheet), with the intensity of the color reflecting the confidence of the prediction. While the first step is mostly automated, save for parameter selection, the second step is manual. In this
 phase of &nbsp;SSE detection, you need to group pseudoatoms and annotate them as either a helix or a sheet. This selection can be performed by multiply selecting pseudoatoms (of the same color)&nbsp;-&nbsp;you will see the selected atom numbers and scores appear in the bottom
 half of the Identify SSEHunter widget- and then &quot;building them&quot; with the Add Sheet or Add Helix button. You&nbsp;iterate through this entire procedure until you have selected all SSEs. Once you are done, you can save the helix or sheet annotations in the file&nbsp;menu;
 we offer two output files for SSEs (dejavu and vrml), both of which are human readable and parseable for the information you need.&nbsp;</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 16px; margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 16px; margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">
Matt</div>
<div id="LPBorder_GT_14785466859850.47323240835149916" style="margin-bottom: 20px; overflow: auto; width: 100%; text-indent: 0px;">
<table id="LPContainer_14785466859830.047505417804318384" cellspacing="0" style="width: 90%; background-color: rgb(255, 255, 255); position: relative; overflow: auto; padding-top: 20px; padding-bottom: 20px; margin-top: 20px; border-top: 1px dotted rgb(200, 200, 200); border-bottom: 1px dotted rgb(200, 200, 200);">
<tbody>
<tr valign="top" style="border-spacing: 0px;">
<td id="TextCell_14785466859840.4692417268369016" colspan="2" style="vertical-align: top; position: relative; padding: 0px; display: table-cell;">
<div id="LPRemovePreviewContainer_14785466859840.49361240159572284"></div>
<div id="LPTitle_14785466859840.3131341584572429" style="top: 0px; color: rgb(0, 120, 215); font-weight: normal; font-size: 21px; font-family: wf_segoe-ui_light, &quot;Segoe UI Light&quot;, &quot;Segoe WP Light&quot;, &quot;Segoe UI&quot;, &quot;Segoe WP&quot;, Tahoma, Arial, sans-serif; line-height: 21px;">
<a id="LPUrlAnchor_14785466859840.6380032201815027" href="http://ncmi.bcm.edu/ncmi/events/workshops/workshops_145" target="_blank" style="text-decoration: none;">NCMI Workshop on Single Particle Reconstruction ...</a></div>
<div id="LPMetadata_14785466859840.7061219388224846" style="margin: 10px 0px 16px; color: rgb(102, 102, 102); font-weight: normal; font-family: wf_segoe-ui_normal, &quot;Segoe UI&quot;, &quot;Segoe WP&quot;, Tahoma, Arial, sans-serif; font-size: 14px; line-height: 14px;">
ncmi.bcm.edu</div>
<div id="LPDescription_14785466859840.5363934625156412" style="display: block; color: rgb(102, 102, 102); font-weight: normal; font-family: wf_segoe-ui_normal, &quot;Segoe UI&quot;, &quot;Segoe WP&quot;, Tahoma, Arial, sans-serif; font-size: 14px; line-height: 20px; max-height: 100px; overflow: hidden;">
NCMI Workshop on Single Particle Reconstruction, Structural Variability and Modeling: DATE: Oct. 30, 2015 ...</div>
</td>
</tr>
</tbody>
</table>
</div>
<br>
<div id="LPBorder_GT_14785466537900.47874696914100356" style="margin-bottom: 20px; overflow: auto; width: 100%; text-indent: 0px;">
<table id="LPContainer_14785466537880.9813298371641861" cellspacing="0" style="width: 90%; background-color: rgb(255, 255, 255); position: relative; overflow: auto; padding-top: 20px; padding-bottom: 20px; margin-top: 20px; border-top: 1px dotted rgb(200, 200, 200); border-bottom: 1px dotted rgb(200, 200, 200);">
<tbody>
<tr valign="top" style="border-spacing: 0px;">
<td id="TextCell_14785466537890.23719750842966714" colspan="2" style="vertical-align: top; position: relative; padding: 0px; display: table-cell;">
<div id="LPRemovePreviewContainer_14785466537890.15128125721980767"></div>
<div id="LPTitle_14785466537890.3382349480500566" style="top: 0px; color: rgb(0, 120, 215); font-weight: normal; font-size: 21px; font-family: wf_segoe-ui_light, &quot;Segoe UI Light&quot;, &quot;Segoe WP Light&quot;, &quot;Segoe UI&quot;, &quot;Segoe WP&quot;, Tahoma, Arial, sans-serif; line-height: 21px;">
<a id="LPUrlAnchor_14785466537890.7173264655881193" href="http://gorgon.wustl.edu/" target="_blank" style="text-decoration: none;">The Gorgon Project</a></div>
<div id="LPMetadata_14785466537890.6691130172089037" style="margin: 10px 0px 16px; color: rgb(102, 102, 102); font-weight: normal; font-family: wf_segoe-ui_normal, &quot;Segoe UI&quot;, &quot;Segoe WP&quot;, Tahoma, Arial, sans-serif; font-size: 14px; line-height: 14px;">
gorgon.wustl.edu</div>
<div id="LPDescription_14785466537900.26144943410901056" style="display: block; color: rgb(102, 102, 102); font-weight: normal; font-family: wf_segoe-ui_normal, &quot;Segoe UI&quot;, &quot;Segoe WP&quot;, Tahoma, Arial, sans-serif; font-size: 14px; line-height: 20px; max-height: 100px; overflow: hidden;">
Gorgon is an interactive molecular modeling system specifically geared towards cryo-EM and other low resolution structures of macromolecular complexes.</div>
</td>
</tr>
</tbody>
</table>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 16px; margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">
<br>
</div>
<p></p>
<p><br>
</p>
<div id="Signature">
<div class="BodyFragment"><font size="2">
<div class="PlainText">-- <br>
Matthew Baker, Ph.D.<br>
Assistant Professor <br>
Department of Biochemistry and Molecular Biology<br>
Baylor College of Medicine<br>
Houston, TX<br>
(713) 798-7319<br>
</div>
</font></div>
</div>
</div>
<hr style="display:inline-block;width:98%" tabindex="-1">
<div id="divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" style="font-size:11pt" color="#000000"><b>From:</b> chimera-users-bounces@cgl.ucsf.edu &lt;chimera-users-bounces@cgl.ucsf.edu&gt; on behalf of b.behkamal@mail.um.ac.ir &lt;b.behkamal@mail.um.ac.ir&gt;<br>
<b>Sent:</b> Saturday, November 5, 2016 2:17:38 PM<br>
<b>To:</b> Chimera-users@cgl.ucsf.edu<br>
<b>Subject:</b> [Chimera-users] I need SSEBuilder and SSEHunter plug in</font>
<div>&nbsp;</div>
</div>
<div>
<p>&nbsp;</p>
<div>
<blockquote class="">
<div class="">
<div class="">
<p class="">Hello,</p>
<p class="">I am a Ph.D. candidate of computer engineering in structural bioinformatic from Ferdowsi University of Mashhad, Iran. I'm working on cryo-em modeling.&nbsp;I necessary need the &quot;SSEBuilder and SSEHunter plug in&quot; in chimera to build the SSEs and continue
 my work. Would you mind please help me about this matter.</p>
<p class="">Thank you very much in advanced.</p>
<p class=""><em class="">Sincerely,</em></p>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<div>-- <br>
<div class="pre" style="margin: 0; padding: 0; font-family: monospace">Bahareh Behkamal<br>
Ph. D. Candidate of Computer Engineering<br>
Researcher in Structural Bioinformatics <br>
Dept. of Computer Engineering<br>
Ferdowsi University of Mashhad, Mashhad, Iran</div>
</div>
<p>&nbsp;</p>
</div>
</body>
</html>