<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">Yeah, Elaine’s idea is fiendishly clever.<div class=""><br class=""></div><div class="">The basic problem in using “zone” is that a zone can’t exclude the atoms it’s based on, so you always wind up selecting all the original atoms. &nbsp;There is a Python script named “selLys.py” on the Scripts page of the Chimera wiki (<a href="http://www.cgl.ucsf.edu/trac/chimera/wiki/Scripts" class="">http://www.cgl.ucsf.edu/trac/chimera/wiki/Scripts</a>) that selects lysine residues within 8 angstroms of another lysine residue. &nbsp;You could easily adapt that script to your problem.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Or you could do the findclash thing. :-)</div><div class=""><br class=""></div><div class="">—Eric</div><div class=""><br class=""><div><blockquote type="cite" class=""><div class="">On Nov 1, 2016, at 1:00 PM, Elaine Meng &lt;<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" class="">meng@cgl.ucsf.edu</a>&gt; wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><div class="">Hi Oli,<br class="">I was going to say “not with commands” but then I thought of a way… &nbsp;it is somewhat circuitous, however, so you might prefer to script a more direct route.<br class=""><br class="">My idea is to use findclash to identify inter-residue “contacts” where a contact is defined as VDW surfaces of atoms within X angstroms, select those pairs of atoms, and then (if you want) promote the selection of atoms to whole residues. &nbsp;The subtlety is that you have to define your desired cutoff in terms of separation of VDW surfaces rather than atomic center-center distance. &nbsp;So for VDW surfaces within 3 angstroms,<br class=""><br class="">findclash sel test self overlap -3 hb 0 intraRes false select true<br class="">sel up<br class=""><br class="">Maybe that will suffice…<br class="">Elaine<br class=""><br class=""><blockquote type="cite" class="">On Nov 1, 2016, at 11:11 AM, Oliver Clarke &lt;<a href="mailto:olibclarke@gmail.com" class="">olibclarke@gmail.com</a>&gt; wrote:<br class=""><br class="">Hi Elaine - close but not exactly. I’d like to select any residue in the current selection that is near at least one other residue which is also within the current selection - does that make sense? The idea is to identify spatial clusters within the selected residues. Maybe i’ll need to script to do this?<br class=""><br class="">Oli<br class=""><blockquote type="cite" class="">On Nov 1, 2016, at 2:04 PM, Elaine Meng &lt;<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" class="">meng@cgl.ucsf.edu</a>&gt; wrote:<br class=""><br class="">Hi Oli,<br class="">To select all residues with any atom within 10 angstroms of current selection:<br class=""><br class="">sel sel zr&lt;10<br class=""><br class="">I wasn’t totally sure if that was what you wanted. If you just want atoms and not whole residues, it would be za instead of zr.<br class="">Best,<br class="">Elaine<br class="">----------<br class="">Elaine C. Meng, Ph.D. <br class="">UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br class="">Department of Pharmaceutical Chemistry<br class="">University of California, San Francisco<br class=""><br class=""><blockquote type="cite" class="">On Nov 1, 2016, at 10:47 AM, Oliver Clarke &lt;<a href="mailto:olibclarke@gmail.com" class="">olibclarke@gmail.com</a>&gt; wrote:<br class=""><br class="">Hi,<br class=""><br class="">I’d basically like to perform the equivalent of “hide dust” on an atom selection. I have a bunch of mutation positions that I’ve mapped onto a structure, and I would like to create a subselection containing only those positions which are within lets say 10Å of at least one other postion in the original selection - basically to represent &nbsp;structural clusters of mutations on the structure. Does anyone have any suggestion how to create such a selection using Chimera’s atom selection language? It seems like zr should do it but I can’t quite figure out how.<br class=""><br class="">Cheers<br class="">Oli.<br class=""></blockquote><br class=""></blockquote><br class=""><br class=""></blockquote><br class=""><br class="">_______________________________________________<br class="">Chimera-users mailing list: <a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" class="">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br class="">Manage subscription: <a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" class="">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br class=""><br class=""></div></div></blockquote></div><br class=""></div></body></html>