<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">Hi Elaine,<div class=""><br class=""></div><div class="">With reference to your message (below), I’d be grateful for a clarification.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">According to the Find Clashes/Contacts instructions contacts are defined as:</div><div class=""><ul style="font-family: -webkit-standard;" class=""><li class=""><b class=""><i class="">contacts</i></b>&nbsp;- all kinds of direct interactions: polar and nonpolar, favorable and unfavorable (including clashes)</li></ul><div class="">Furthermore,&nbsp;</div></div><div class=""><span style="font-family: -webkit-standard; font-size: medium;" class=""><br class=""></span></div><div class=""><span style="font-family: -webkit-standard; font-size: medium;" class="">For detecting&nbsp;</span><a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/findclash/findclash.html#terminology" style="font-family: -webkit-standard;" class=""><b class=""><i class="">contacts</i></b></a><span style="font-family: -webkit-standard; font-size: medium;" class="">, negative&nbsp;</span><i style="font-family: -webkit-standard;" class="">cutoff</i><span style="font-family: -webkit-standard; font-size: medium;" class="">&nbsp;values of 0.0-(–1.0) Å with an&nbsp;</span><i style="font-family: -webkit-standard;" class="">allowance</i><span style="font-family: -webkit-standard; font-size: medium;" class="">&nbsp;of 0.0 Å are generally reasonable (default&nbsp;</span><b style="font-family: -webkit-standard;" class="">contact</b><span style="font-family: -webkit-standard; font-size: medium;" class="">&nbsp;</span></div><div class=""><span style="font-family: -webkit-standard; font-size: medium;" class="">criteria&nbsp;</span><b style="font-family: -webkit-standard;" class="">–0.4</b><span style="font-family: -webkit-standard; font-size: medium;" class="">&nbsp;and&nbsp;</span><b style="font-family: -webkit-standard;" class="">0.0</b><span style="font-family: -webkit-standard; font-size: medium;" class="">&nbsp;Å, respectively).</span></div><div class=""><br class=""></div><div class="">Therefore, am I right to assume that the command below</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><blockquote type="cite" class="">findclash ligand overlap -1 hb 0 make false log true naming simple</blockquote><br class=""></div><div class="">produces an output of FAVOURABLE interactions only (i.e no clashes)?</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Thank you in advance for your kind help</div><div class=""><br class=""></div><div class="">George</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><div><blockquote type="cite" class=""><div class="">On 11 Oct 2016, at 00:19, Elaine Meng &lt;<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" class="">meng@cgl.ucsf.edu</a>&gt; wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><div class="">Hi George, <br class="">Any command you can execute at the command line, you can execute in MD Movie at each frame by defining a per-frame script (MD Movie menu: Per-Frame… Define script).<br class=""><br class="">For example, at each frame you could report the frame number, select residues near ligand, and write list of the residues to the Reply Log with a per-frame command script:<br class=""><br class="">echo<br class="">echo &lt;FRAME&gt;<br class="">sel ligand z&lt;3.5<br class="">~sel ligand<br class="">writesel - naming simple<br class=""><br class="">…. or you could use “findclash” (find clashes or contacts command) instead of zone selection, e.g.<br class=""><br class="">echo<br class="">echo &lt;FRAME&gt;<br class="">findclash ligand overlap -1 hb 0 make false log true naming simple<br class=""><br class="">… which would give atoms instead of residues like the first example. &nbsp;If you wanted residues instead, <br class=""><br class="">echo<br class="">echo &lt;FRAME&gt;<br class="">findclash ligand overlap -1 hb 0 make false select true<br class="">~sel ligand<br class="">writesel - naming simple<br class=""><br class="">Of course, these will give you a lot of results: a list of residues (or even the atoms) for each frame of your trajectory. &nbsp;See the command manual pages for the options of all these commands.<br class="">&lt;<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/framecommand.html" class="">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/framecommand.html</a>&gt;<br class=""><br class="">Guess I don’t understand why you were calculating occupancy. &nbsp;Each time you do that, it will calculate a separate “density” (occupancy) map. &nbsp;Looks like you did it at least 3 times, which is why you have 3 histograms in volume viewer. &nbsp;Then when you chose mesh, it &nbsp;only changes the “current” map (name highlighted in blue) map to mesh. &nbsp;The other two are still shown as solid surfaces. &nbsp;You can delete any of those 3 occupancy maps by clicking the “minus sign” button near the upper right corner of its histogram.<br class=""><br class="">I hope this helps,<br class="">Elaine<br class="">----------<br class="">Elaine C. Meng, Ph.D. <br class="">UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br class="">Department of Pharmaceutical Chemistry<br class="">University of California, San Francisco<br class=""><br class=""><blockquote type="cite" class="">On Oct 10, 2016, at 1:54 PM, George Tzotzos &lt;<a href="mailto:gtzotzos@me.com" class="">gtzotzos@me.com</a>&gt; wrote:<br class=""><br class="">My task is to identify ligand interactions with protein residues throughout an MD trajectory. I thought of something along the lines <br class="">sel ligand z&lt;3.5 #for vdW interactions, etc. <br class=""><br class="">I don’t think this can be done using the MD movie interface but I may be wrong.<br class=""><br class="">I then tried the following:<br class="">1. sel protein/hold selection steady<br class="">2. sel ligand<br class="">3. calculate occupancy (MD Movie/Analysis)<br class="">4. Chimera/select/clear selection<br class="">5. turned the Volume Viewer to mesh/level2.<br class=""><br class="">What I obtained is a mesh grid enclosing solid surfaces (see attached snapshot). I’m not able to get rid of these surfaces? <br class=""><br class="">I think that the problem ma be in step 2 above (sel :ligand). My ligand is N,N-Diethyl-meta-toluamide. Should I select the aromatic ring part separately of the amide part, run the above process and then repeat selecting the amide part? <br class=""><br class="">I also tried MD movie/Analysis/Residue interaction network, first selecting the ligand. <br class=""><br class="">The results I obtained are not satisfactory. <br class=""><br class="">Is there a better way of dealing with my problem?<br class=""><br class="">Thanks in advance for your kind help<br class=""><br class="">George<br class=""><br class=""><br class="">&lt;PastedGraphic-1.tiff&gt; &nbsp;&lt;PastedGraphic-2.tiff&gt;<br class="">_______________________________________________<br class="">Chimera-users mailing list: <a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" class="">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br class="">Manage subscription: <a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" class="">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br class=""></blockquote><br class=""></div></div></blockquote></div><br class=""></div></body></html>