<html><head><meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;"><div style="color: rgb(0, 0, 0);"><font face="Arial">To whom it may concern,&nbsp;</font></div><div style="color: rgb(0, 0, 0);"><font face="Arial"><br></font></div><div><font face="Arial">I am currently working on segmenting a high resolution cryo-EM map (~4 by the &#8220;gold standard FSC&#8221;) to phase crystallography data. After the segmentation, my colleague doing the phasing tells me that map appears more like 12 resolution and I am worried I am doing something wrong during the process and somehow distorting my original data.&nbsp;I believe the 4 of the original map based on structural features that&nbsp;I can clearly see. And the segmented density does not&nbsp;appear as defined. Therefore it appears that there has been some changes.</font></div><div style="color: rgb(0, 0, 0);"><font face="Arial"><br></font></div><div><font face="Arial">In order to begin the process, I did some manipulations before I started. This is an icosahedral virus map created through Auto3dem. I am only using an small quadrant of the &nbsp;original map, and since it was in pif format originally, I used proc3d to convert to mrc and invert the contrast to be compatible with&nbsp;segger. Before segmentation the map visually looked the same as&nbsp;the original pif map when both were displayed in chimera.&nbsp;</font></div><div style="color: rgb(0, 0, 0);"><font face="Arial"><br></font></div><div style="color: rgb(0, 0, 0);"><span style="font-family: Arial;">The procedure I followed after segmentation was: "</span><b style="font-family: Arial;">Save selected regions to .mrc file...</b><span style="font-family: Arial;">&nbsp;save density map masked by the&nbsp;</span><a href="https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/selection.html" style="font-family: Arial;">selected</a><span style="font-family: Arial;">&nbsp;segmentation regions to an MRC file (map dimensions set to the minimal box containing the regions)&#8221;.&nbsp;</span><font face="Arial">I have made sure that the correct binning has been applied during segmentation.&nbsp;</font></div><div style="color: rgb(0, 0, 0);"><font face="Arial"><br></font></div><div style="color: rgb(0, 0, 0);"><font face="Arial">Any help would be much appreciated. Kristin&nbsp;</font></div><div style="color: rgb(0, 0, 0);"><font face="Arial"><br></font></div><div style="color: rgb(0, 0, 0);"><div><div><font face="Arial">--&nbsp;</font></div><div><font face="Arial">Kristin N. Parent, Ph.D.<br>Assistant Professor<br>Dept. of Biochemistry and Molecular Biology<br>Michigan State University<br>603 Wilson Road<br>Room 519 Biochemistry Building<br>East Lansing, MI 48824</font></div><div><font face="Arial">Office phone: (517) 432-8434</font></div><div><font face="Arial"><a href="https://kparentlab.natsci.msu.edu">https://kparentlab.natsci.msu.edu</a>/</font></div><div style="font-size: 14px; font-family: Calibri, sans-serif;"><br></div></div></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 14px; font-family: Calibri, sans-serif;"><br></div><font face="Calibri,sans-serif" style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 14px;">&nbsp;</font><br><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 14px; font-family: Calibri, sans-serif;"><br></div></body></html>