<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">Hi Kristin,<div class=""><br class=""></div><div class="">&nbsp; Here is my guess about why your segmented map looks lower resolution. &nbsp;When the Chimera Segment Map (Segger) tool writes a selected region to an MRC file it simply sets to zero all the map values outside the region surface. &nbsp;This creates a jagged boundary in the resulting saved map that looks horrible when you view the surface of the saved map. &nbsp;It will be especially bad in your case because the segmentation region surface has hundreds of tiny protrusions. &nbsp;A better approach is to first smooth the map, say Gaussian filter with standard deviation 5 Angstroms, segment that smooth map, giving smooth regions without all the little protrusions, then save the desired region to an MRC using the original full resolution map. &nbsp;This makes jagged boundary only on the outside smooth surface of the region instead of around hundreds of little protrusions. &nbsp;There is a trick to this procedure. &nbsp;To extract the full resolution density using the smoothed map regions, choose the high resolution map in the Segment Map dialog and use its menu entry File / Associate Selected to associate the smoothed map segmentation with the full resolution map. &nbsp;I’ve attached images showing the problem and suggested approach applied to beta-galactosidase EMDB 2984 at about 3A resolution. &nbsp;You still have sharp drops in the density to 0 and you may want to roll those off using the “vop falloff” command described here</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span><a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/data/falloff-sep2012/falloff.html" class="">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/data/falloff-sep2012/falloff.html</a></div><div class=""><br class=""></div><div class="">&nbsp; Tom</div><div class=""><br class=""></div><div class="">3A beta-galactosidase map</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><img height="240" width="310" apple-width="yes" apple-height="yes" apple-inline="yes" id="5ACF440D-72F6-4E45-9129-CD4567C191D5" src="cid:3E144447-6F01-464A-87A2-4AC7556A085C@cgl.ucsf.edu" class=""></div><div class=""><br class=""></div><div class="">Segmentation with Segment Map / Segger is too detailed.</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><img height="240" width="310" apple-width="yes" apple-height="yes" apple-inline="yes" id="EBDAE2A0-108C-4B08-BC94-5B0183F8D011" src="cid:DE3E7741-9B4C-49FF-8337-B27A471C7D95@cgl.ucsf.edu" class=""></div><div class=""><br class=""></div><div class="">Smoothed map with Gaussian filter, 5A standard deviation:</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><img height="240" width="310" apple-width="yes" apple-height="yes" apple-inline="yes" id="621658F1-87F3-49C3-832A-C0ABEE8B1EE3" src="cid:B7AE46AB-9882-427D-9878-C44F8C825A87@cgl.ucsf.edu" class=""></div><div class=""><br class=""></div><div class="">Segmentation surfaces using smoothed map</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><img height="240" width="310" apple-width="yes" apple-height="yes" apple-inline="yes" id="4BE97A55-CFA4-43E5-9CAB-C7F763F0A04E" src="cid:24AC9A0F-6835-4D2D-8855-2ED0714AE816@cgl.ucsf.edu" class=""></div><div class="">Region extracted from full resolution map using segmentation from smoothed map</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><img height="219" width="320" apple-width="yes" apple-height="yes" apple-inline="yes" id="0603369C-07DC-43B6-AF37-9D24985D5688" src="cid:03B47480-2A6F-4DF4-A4F6-64730A74E1D6@cgl.ucsf.edu" class=""><br class=""><div><blockquote type="cite" class=""><div class="">On Sep 23, 2016, at 7:52 AM, Kristin Parent wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=utf-8" class=""><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class=""><div style="" class=""><font face="Arial" class="">To whom it may concern,&nbsp;</font></div><div style="" class=""><font face="Arial" class=""><br class=""></font></div><div class=""><font face="Arial" class="">I am currently working on segmenting a high resolution cryo-EM map (~4Å by the “gold standard FSC”) to phase crystallography data. After the segmentation, my colleague doing the phasing tells me that map appears more like 12Å resolution and I am worried I am doing something wrong during the process and somehow distorting my original data.&nbsp;I believe the 4Å of the original map based on structural features that&nbsp;I can clearly see. And the segmented density does not&nbsp;appear as defined. Therefore it appears that there has been some changes.</font></div><div style="" class=""><font face="Arial" class=""><br class=""></font></div><div class=""><font face="Arial" class="">In order to begin the process, I did some manipulations before I started. This is an icosahedral virus map created through Auto3dem. I am only using an small quadrant of the &nbsp;original map, and since it was in pif format originally, I used proc3d to convert to mrc and invert the contrast to be compatible with&nbsp;segger. Before segmentation the map visually looked the same as&nbsp;the original pif map when both were displayed in chimera.&nbsp;</font></div><div style="" class=""><font face="Arial" class=""><br class=""></font></div><div style="" class=""><span style="font-family: Arial;" class="">The procedure I followed after segmentation was: "</span><b style="font-family: Arial;" class="">Save selected regions to .mrc file...</b><span style="font-family: Arial;" class="">&nbsp;save density map masked by the&nbsp;</span><a href="https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/selection.html" style="font-family: Arial;" class="">selected</a><span style="font-family: Arial;" class="">&nbsp;segmentation regions to an MRC file (map dimensions set to the minimal box containing the regions)”.&nbsp;</span><font face="Arial" class="">I have made sure that the correct binning has been applied during segmentation.&nbsp;</font></div><div style="" class=""><font face="Arial" class=""><br class=""></font></div><div style="" class=""><font face="Arial" class="">Any help would be much appreciated. Kristin&nbsp;</font></div><div style="" class=""><font face="Arial" class=""><br class=""></font></div><div style="" class=""><div class=""><div class=""><font face="Arial" class="">--&nbsp;</font></div><div class=""><font face="Arial" class="">Kristin N. Parent, Ph.D.<br class="">Assistant Professor<br class="">Dept. of Biochemistry and Molecular Biology<br class="">Michigan State University<br class="">603 Wilson Road<br class="">Room 519 Biochemistry Building<br class="">East Lansing, MI 48824</font></div><div class=""><font face="Arial" class="">Office phone: (517) 432-8434</font></div><div class=""><font face="Arial" class=""><a href="https://kparentlab.natsci.msu.edu/" class="">https://kparentlab.natsci.msu.edu</a>/</font></div><div style="font-size: 14px; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><br class=""></div></div></div><div style="font-size: 14px; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><br class=""></div><font face="Calibri,sans-serif" style="font-size: 14px;" class="">&nbsp;</font><br class=""><div style="font-size: 14px; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><br class=""></div></div>
_______________________________________________<br class="">Chimera-users mailing list: <a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" class="">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br class="">Manage subscription: <a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" class="">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br class=""></div></blockquote></div><br class=""></div></body></html>