<div dir="ltr"><div><div><div><div>Hello all,<br><br></div>I am much obliged for the information, I will try it as soon as possible. The information seems to be just what I needed. The problem was that I was trying to work around the creation of a new file, but if it is the only way I will give it a try.<br><br></div>Thank you very much for the time,<br></div>All the best,<br></div>José<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Sep 14, 2016 at 9:05 PM, Eric Pettersen <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:pett@cgl.ucsf.edu" target="_blank">pett@cgl.ucsf.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">Hi Jose,<div><span style="white-space:pre-wrap">        </span>All Elaine’s info is correct.  In case your question was about using Chimera functions from your own Python interpreter, see this recent chimera-users thread:</div><div><br></div><div><a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2016-September/012704.html" target="_blank">http://plato.cgl.ucsf.edu/<wbr>pipermail/chimera-users/2016-<wbr>September/012704.html</a></div><div><br></div><div>—Eric</div><div><br><div>
<div style="color:rgb(0,0,0);letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;word-wrap:break-word"><div><span style="white-space:pre-wrap">        </span>Eric Pettersen</div><div><span style="white-space:pre-wrap">        </span>UCSF Computer Graphics Lab</div></div><br>

</div>
<br><div><blockquote type="cite"><div><div class="h5"><div>On Sep 14, 2016, at 11:02 AM, Elaine Meng &lt;<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" target="_blank">meng@cgl.ucsf.edu</a>&gt; wrote:</div><br></div></div><div><div><div><div class="h5">Hi Jose,<br>You can create an input test file that is a script with a series of instructions in either Chimera commands or Python, and then from the command line, start Chimera in nogui mode and specify that input file.<br><br>Startup from system command line, see also  - -nogui startup option:<br>&lt;<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/startup.html" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/<wbr>chimera/docs/UsersGuide/<wbr>startup.html</a>&gt;<br>&lt;<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/options.html" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/<wbr>chimera/docs/UsersGuide/<wbr>options.html</a>&gt;<br><br>Input file types including Chimera command files and Python scripts:<br>&lt;<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/filetypes.html#command" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/<wbr>chimera/docs/UsersGuide/<wbr>filetypes.html#command</a>&gt;<br><br>Basic primer on Python scripting for Chimera:<br>&lt;<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ProgrammersGuide/basicPrimer.html" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/<wbr>chimera/docs/ProgrammersGuide/<wbr>basicPrimer.html</a>&gt;<br><br>Some possible reasons to use Python instead of Chimera command scripts are if you need looping, or some function that is not available as a Chimera command.<br>I hope this helps,<br>Elaine<br>-----<br>Elaine C. Meng, Ph.D.                       <br>UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>Department of Pharmaceutical Chemistry<br>University of California, San Francisco<br><br>On Sep 10, 2016, at 6:45 PM, José Almeida &lt;<a href="mailto:jose.gcp.almeida@gmail.com" target="_blank">jose.gcp.almeida@gmail.com</a>&gt; wrote:<br><br><blockquote type="cite">Hello,<br>I am a beggining Chimera user and was wondering if it was possible to run, all in the same command, something that enabled me to use a function (e.g. hbonds) without utilizing the console or the gui. I am trying to include this into a program so that I can calculate H-Bond data on several proteins in order to automatize the procedure, but I haven&#39;t been able to do so.<br><br>Already thanking any attention given to this problem,<br>Best regards,<br>José Guilherme de Almeida<br></blockquote><br><br></div></div>______________________________<wbr>_________________<br>Chimera-users mailing list: <a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br>Manage subscription: <a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" target="_blank">http://plato.cgl.ucsf.edu/<wbr>mailman/listinfo/chimera-users</a><br><br></div></div></blockquote></div><br></div></div></blockquote></div><br></div>