<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:monospace,monospace">Works like a charm! :)</div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><span style="font-family:monospace,monospace">--<br>pozdrawiam serdecznie<br>Michał Kadlof <<a href="mailto:m.kadlof@cent.uw.edu.pl" target="_blank">m.kadlof@cent.uw.edu.pl</a>></span><br></div></div></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">2016-09-06 19:28 GMT+02:00 Elaine Meng <span dir="ltr"><<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" target="_blank">meng@cgl.ucsf.edu</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Michal,<br>
You can use the “meshmol” command to make the isosurface mesh into a fake molecule, where the the points are “atoms” and the mesh lines are “bonds” shown as sticks.<br>
<<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/meshmol.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/<wbr>chimera/docs/UsersGuide/midas/<wbr>meshmol.html</a>><br>
<br>
Although the new “molecule model” is suppressed from appearing in the File… Save PDB dialog, you can still save it to PDB from the command line with “write” … or save it as a marker set using the File menu of the Volume Tracer tool.<br>
<<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/write.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/<wbr>chimera/docs/UsersGuide/midas/<wbr>write.html</a>><br>
<<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/volumepathtracer/framevolpath.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/<wbr>chimera/docs/<wbr>ContributedSoftware/<wbr>volumepathtracer/framevolpath.<wbr>html</a>><br>
<br>
Either of those formats will contain the coordinates.  The marker format will do a better job of preserving the stick bonds and their radii, if that matters to you.<br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
----------<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.<br>
UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
<br>
> On Sep 6, 2016, at 6:48 AM, Michał Kadlof <<a href="mailto:m.kadlof@cent.uw.edu.pl">m.kadlof@cent.uw.edu.pl</a>> wrote:<br>
><br>
> Hello,<br>
><br>
> I have density data in .cmap file format. I want to save a coordinates for points that are on the surface for given cutoff. I need exactly that points which are visible in mesh representation.<br>
><br>
> How can I do that?<br>
> --<br>
> pozdrawiam serdecznie<br>
> Michał Kadlof <<a href="mailto:m.kadlof@cent.uw.edu.pl">m.kadlof@cent.uw.edu.pl</a>><br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br></div>