<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class=""><div><blockquote type="cite" class=""><div class="">On Sep 5, 2016, at 7:13 AM, Igor Peixoto Rodrigues &lt;<a href="mailto:igorl.kjuru@hotmail.com" class="">igorl.kjuru@hotmail.com</a>&gt; wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><div dir="ltr" style="font-family: Calibri; font-size: 16px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class=""><div class=""><span style="font-size: 15px; line-height: 21.3px; white-space: nowrap; color: rgb(68, 68, 68);" class="">Hi my name is Igor Peixoto, and I have a question. There is some way &nbsp;to count the number of bonds in molecule? Like how much bonds of kind B-C, C-C, B-N.... for example?</span></div></div></div></blockquote><div><br class=""></div>Hi Igor,</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>There is. &nbsp;If you are only doing this for a few structures, then the easiest way is probably to use the commands to select the endpoint atoms, which will also select the bonds. &nbsp;The number of selected atoms and bonds will be reported on the right side of the command line. &nbsp;If the endpoint atoms are of different elements (say C and B) you will then have to do two additional selections to find the bonds between the identical elements (C-C and B-B in this example) and subtract those off, since those were also selected by the first command.</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>So, for example, to find the number of C-N bonds in 3fx2:</div><div><br class=""></div><div>sel @/element=C @/element=N &nbsp;(reports 905 bonds)</div><div>sel C &nbsp;(can use this simpler form if there’s only one element; reports 556 bonds)</div><div>sel N &nbsp;(reports 0 bonds)</div><div><br class=""></div><div>905 - 556 - 0 = 349</div><div><br class=""></div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>For a large number of structures you would probably want to use a Python script to do this more automatically. &nbsp;If so, let me know and I’ll provide some pointers.</div><div><br class=""></div><div>—Eric</div><div><br class=""><br class=""></div><div><div class=""><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class=""><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;">        </span>Eric Pettersen</div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;">        </span>UCSF Computer Graphics Lab</div><div class=""><br class=""></div></div><br class="Apple-interchange-newline"><br class="Apple-interchange-newline"></div><br class=""><div><blockquote type="cite" class=""></blockquote></div></div><br class=""></body></html>