<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=windows-1252"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">I like the second option.&nbsp;<div class=""><br class=""></div><div class="">just did this in my bash environment:&nbsp;</div><div class=""><br class=""><div class=""><div style="margin: 0px; font-size: 14px; line-height: normal;" class=""><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures; color: #34bbc7" class="">chimera</span><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures" class="">=</span><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures; color: #d53bd3" class="">$chimera</span><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures" class="">/Applications/Chimera.app/Contents/MacOS&nbsp;</span></div><div style="margin: 0px; font-size: 14px; line-height: normal; color: rgb(52, 187, 199);" class=""><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures; color: #ce7924" class="">export</span><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures" class=""> chimera</span></div><div style="margin: 0px; font-size: 14px; line-height: normal; color: rgb(213, 59, 211);" class=""><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures; color: #ce7924" class="">export</span><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures; color: #34bbc7" class=""> PATH=</span><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures" class="">$PATH</span><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures; color: #000000" class="">:</span><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures" class="">$chimera</span></div><div style="margin: 0px; font-size: 14px; line-height: normal; color: rgb(213, 59, 211);" class=""><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures" class=""><br class=""></span></div><div style="margin: 0px; font-size: 14px; line-height: normal; color: rgb(213, 59, 211);" class=""><div style="margin: 0px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(195, 55, 32);" class=""><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures; color: #ce7924" class="">alias </span><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures; color: #34bbc7" class="">chimera</span><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures; color: #ce7924" class="">='</span><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures" class="">chimera --preferences</span><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures; color: #ce7924" class="">'</span></div><div style="margin: 0px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(195, 55, 32);" class=""><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures; color: #ce7924" class=""><br class=""></span></div></div><div style="margin: 0px; font-size: 14px; line-height: normal;" class="">thanks Elaine.</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><br class=""><div class=""><div class=""><div class=""><br class=""><div><blockquote type="cite" class=""><div class="">On Sep 2, 2016, at 2:54 PM, Elaine Meng &lt;<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" class="">meng@cgl.ucsf.edu</a>&gt; wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><div class="">Hi David,<br class="">Most preferences (the ones that show up in the Preferences dialog) don’t save unless you actually click Save on the Preferences dialog. &nbsp;However, there are some other things like recent files/directories, ribbon styles, and Multalign Viewer settings that save instantly. &nbsp;In that case, some ways to prevent saving are:<br class=""><br class="">(1) have an unwriteable preferences file (on mac or linux, “chmod” the preferences file to be unwriteable). &nbsp;In that case you will always get a (possibly annoying) message upon startup that the preferences are not writeable.<br class=""><br class="">(2) have a file of the preferences you want to keep “forever” and automatically copy it to the working preferences file whenever you start up Chimera. &nbsp;I do this with aliased commands on mac (and you could do something similar on linux) because I have different sets of preferences that I use for different situations. &nbsp;So on my system I could alias “start1” to copy a particular file to another filename and then start up Chimera using that copy (not the original) as the preferences. &nbsp;In that case, you are not actually preventing saving, but whenever you start up, it wipes out the copy that had been changed and restores it to the pristine state. <br class=""><br class="">An example of such an alias in my mac .tcshrc file (all one line):<br class=""><br class="">alias demo1 "cd ~/Desktop/demo1; \cp -f prefs.demo1 preferences; ~/Desktop/Chimera.app/Contents/MacOS/chimera"<br class=""><br class="">These are both unix-y approaches. &nbsp;I am not adept with windows so I can’t speak to how you would handle it on that system.<br class=""><br class="">You can totally wipe out everything in the preferences file by deleting that file (when you are not running Chimera). &nbsp;<br class="">You can see filename/location of the file that is being used as the preferences &nbsp;and reset the settings that appear in the Preferences dialog with Chimera menu: Favorites… Preferences, category Preferences. &nbsp;<br class="">&lt;<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/preferences.html" class="">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/preferences.html</a>&gt;<br class="">&lt;<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/preferences.html#Preferences" class="">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/preferences.html#Preferences</a>&gt;<br class="">… remember to Save after resetting.<br class=""><br class="">You can specify using a particular file as the preferences at the time of startup with a startup option<br class="">&lt;<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/startup.html" class="">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/startup.html</a>&gt;<br class="">&lt;<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/options.html" class="">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/options.html</a>&gt;<br class=""><br class="">I hope this helps,<br class="">Elaine<br class="">-----<br class="">Elaine C. Meng, Ph.D. &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<br class="">UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br class="">Department of Pharmaceutical Chemistry<br class="">University of California, San Francisco<br class=""><br class="">On Sep 2, 2016, at 1:43 PM, david gae &lt;<a href="mailto:ddgae@ucdavis.edu" class="">ddgae@ucdavis.edu</a>&gt; wrote:<br class=""><br class=""><blockquote type="cite" class="">Dear Chimera Users, <br class=""><br class="">I am wondering if anyone can help me with this question: <br class=""><br class="">Whenever I start up CHIMERA. My previous settings and panels show up. Is there a way to prevent my previous preferences being saved? <br class=""><br class="">Thanks,<br class="">David <br class=""></blockquote><br class=""></div></div></blockquote></div><br class=""></div></div></div></div></div></div></body></html>