<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">Hi Joe,<div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>This old chimera-users post has a Python script attachment that demonstrates how to call the underlying MatchMaker function to get the RMSD value programmatically. &nbsp;The mailing list gives the attachment a “.bin” extension but it’s really a .py file. &nbsp;Just change the extension if you need to. &nbsp;Let me know if you have any questions about how to adapt the script to your needs…</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2009-March/003610.html" class="">http://plato.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2009-March/003610.html</a></div><div class=""><br class=""></div><div class="">—Eric</div><div class=""><br class=""><div class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class=""><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;">        </span>Eric Pettersen</div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;">        </span>UCSF Computer Graphics Lab</div><div class=""><br class=""></div></div></div><div><blockquote type="cite" class=""><div class="">On Aug 31, 2016, at 3:02 AM, Healey, Joe &lt;<a href="mailto:J.R.J.Healey@warwick.ac.uk" class="">J.R.J.Healey@warwick.ac.uk</a>&gt; wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><div id="divtagdefaultwrapper" style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: 12pt; background-color: rgb(255, 255, 255); font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif;" class=""><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;" class="">Hi,</div><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;" class=""><br class=""></div><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;" class="">I have several hundred structure simulations that were performed on our HPC resource. Each simulation has approximately 5 models associated with it. I also have HMM model homologies for each of these proteins.</div><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;" class=""><br class=""></div><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;" class="">I would like to use chimera's matchmaker function to compare the simulated structured to their nearest 'real' counterpart with a resolved structure. In order to do this I plan to script chimera to pull in the simulated models as well as the near homolog and then run the matchmaker algorithm.</div><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;" class=""><br class=""></div><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;" class="">My question is: can the RMSD value that is returned in the reply log be 'accessed directly' such that for each match that is performed, I can obtain the RMSD and thus a ranking for the best fitting structures - or will it require parsing the reply log?</div><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;" class=""><br class=""></div><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;" class="">Thanks</div><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;" class=""><br class=""></div><div id="Signature" class=""><div id="divtagdefaultwrapper" style="font-size: 12pt; background-color: rgb(255, 255, 255); font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif;" class="">Joe Healey<br style="font-size: 10pt;" class=""></div><div id="divtagdefaultwrapper" style="font-size: 12pt; background-color: rgb(255, 255, 255); font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif;" class=""><br class=""></div><div id="divtagdefaultwrapper" style="font-size: 12pt; background-color: rgb(255, 255, 255); font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif;" class=""><span style="text-decoration: underline;" class="">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;</span><br class=""></div><div id="divtagdefaultwrapper" style="font-size: 12pt; background-color: rgb(255, 255, 255); font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif;" class=""><span style="font-size: 10pt;" class="">M.Sc. B.Sc. (Hons)</span><br class=""></div><div id="divtagdefaultwrapper" style="font-size: 12pt; background-color: rgb(255, 255, 255); font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif;" class=""><span style="font-size: 10pt;" class=""></span><div class=""><span style="font-size: 10pt;" class="">PhD Student</span></div><div class=""><span style="font-size: 10pt;" class="">MOAC CDT, Senate House</span></div><div class=""><span style="font-size: 10pt;" class="">University of Warwick<br class=""></span></div><div class=""><span style="font-size: 10pt;" class="">Coventry<br class=""></span></div><div class=""><span style="font-size: 10pt;" class="">CV47AL<br class="">Mob: +44 (0) 7536 042620 &nbsp;| &nbsp;</span><span style="font-size: 10pt;" class="">Email:<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><a href="mailto:J.R.J.Healey@warwick.ac.uk" class="">J.R.J.Healey@warwick.ac.uk</a></span></div><div class=""><span style="font-size: 10pt;" class=""><br class=""></span></div><div class=""><span style="font-size: 10pt;" class="">Jointly working in:<br class=""></span></div><div class=""><span style="font-size: 10pt;" class=""><a href="http://www2.warwick.ac.uk/fac/med/research/tsm/microinfect/staff/waterfieldlab/" id="LPNoLP" class="">Waterfield Lab</a><span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span>(<span style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 13.3333330154419px; background-color: rgb(255, 255, 255);" class="">WMS&nbsp;</span><span style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 13.3333330154419px; background-color: rgb(255, 255, 255);" class="">Microbiology and Infecti</span><span style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 13.3333330154419px; background-color: rgb(255, 255, 255);" class="">on Un</span><span style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 13.3333330154419px; background-color: rgb(255, 255, 255);" class="">it)</span></span></div><div class=""><span style="font-size: 10pt;" class="">and the&nbsp;<a href="http://www2.warwick.ac.uk/fac/sci/chemistry/research/gibson/gibsongroup/" id="LPNoLP" class="">Gibson Lab</a>&nbsp;(Warwick Chemistry)<br class=""></span></div><div class=""><span style="font-size: 10pt;" class=""><br class=""></span></div><div class=""><span style="font-size: 10pt;" class="">Twitter:<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><a href="https://twitter.com/JRJHealey" id="LPNoLP" class="">@JRJHealey</a>&nbsp; |&nbsp;&nbsp;</span><span style="font-size: 10pt;" class="">Website:<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></span><a href="http://www2.warwick.ac.uk/fac/sci/moac/people/students/2013/joseph_healey" id="LPNoLP" style="font-size: 10pt;" class="">MOAC Page</a></div></div></div></div><span style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; float: none; display: inline !important;" class="">_______________________________________________</span><br style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class=""><span style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; float: none; display: inline !important;" class="">Chimera-users mailing list:<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></span><a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class=""><span style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; float: none; display: inline !important;" class="">Manage subscription:<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></span><a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a></div></blockquote></div><br class=""></div></body></html>