<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style type="text/css" style="display:none;"><!-- P {margin-top:0;margin-bottom:0;} --></style>
</head>
<body dir="ltr">
<div id="divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;background-color:#FFFFFF;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;">
<p>Hi,</p>
<p><br>
</p>
<p>I have several hundred structure simulations that were performed on our HPC resource. Each simulation has approximately 5 models associated with it. I also have HMM model homologies for each of these proteins.</p>
<p><br>
</p>
<p>I would like to use chimera's matchmaker function to compare the simulated structured to their nearest 'real' counterpart with a resolved structure. In order to do this I plan to script chimera to pull in the simulated models as well as the near homolog
 and then run the matchmaker algorithm.</p>
<p><br>
</p>
<p>My question is: can the RMSD value that is returned in the reply log be 'accessed directly' such that for each match that is performed, I can obtain the RMSD and thus a ranking for the best fitting structures - or will it require parsing the reply log?</p>
<p><br>
</p>
<p>Thanks</p>
<p><br>
</p>
<div id="Signature">
<div id="divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt; color:#000000; background-color:#FFFFFF; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
Joe Healey<br style="font-size:10pt">
</div>
<div id="divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt; color:#000000; background-color:#FFFFFF; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<br>
</div>
<div id="divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt; color:#000000; background-color:#FFFFFF; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<span style="text-decoration:underline">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;</span><br>
</div>
<div id="divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt; color:#000000; background-color:#FFFFFF; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<span style="font-size:10pt">M.Sc. B.Sc. (Hons)</span><br>
</div>
<div id="divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt; color:#000000; background-color:#FFFFFF; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<span style="font-size:10pt"></span>
<div><span style="font-size:10pt">PhD Student</span></div>
<div><span style="font-size:10pt">MOAC CDT, Senate House</span></div>
<div><span style="font-size:10pt">University of Warwick<br style="">
</span></div>
<div><span style="font-size:10pt">Coventry<br style="">
</span></div>
<div><span style="font-size:10pt">CV47AL<br style="">
Mob: &#43;44 (0) 7536 042620 &nbsp;| &nbsp;</span><span style="font-size:10pt">Email: J.R.J.Healey@warwick.ac.uk</span></div>
<div><span style="font-size:10pt"><br style="">
</span></div>
<div><span style="font-size:10pt">Jointly working in:<br style="">
</span></div>
<div><span style="font-size:10pt"><a href="http://www2.warwick.ac.uk/fac/med/research/tsm/microinfect/staff/waterfieldlab/" id="LPNoLP">Waterfield Lab</a> (<span style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif; font-size:13.3333330154419px; background-color:rgb(255,255,255)">WMS&nbsp;</span><span style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif; font-size:13.3333330154419px; background-color:rgb(255,255,255)">Microbiology
 and Infecti</span><span style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif; font-size:13.3333330154419px; background-color:rgb(255,255,255)">on Un</span><span style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif; font-size:13.3333330154419px; background-color:rgb(255,255,255)">it)</span></span></div>
<div><span style="font-size:10pt">and the&nbsp;<a href="http://www2.warwick.ac.uk/fac/sci/chemistry/research/gibson/gibsongroup/" id="LPNoLP">Gibson Lab</a>&nbsp;(Warwick Chemistry)<br style="">
</span></div>
<div><span style="font-size:10pt"><br style="">
</span></div>
<div><span style="font-size:10pt">Twitter: <a href="https://twitter.com/JRJHealey" id="LPNoLP">
@JRJHealey</a>&nbsp; |&nbsp;&nbsp;</span><span style="font-size:10pt">Website: </span><a href="http://www2.warwick.ac.uk/fac/sci/moac/people/students/2013/joseph_healey" style="font-size:10pt" id="LPNoLP">MOAC Page</a></div>
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>