<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 3.2//EN">
<HTML>
<HEAD>
<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=us-ascii">
<META NAME="Generator" CONTENT="MS Exchange Server version 14.02.5004.000">
<TITLE>bond formation</TITLE>
</HEAD>
<BODY>
<!-- Converted from text/rtf format -->

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-ca"><FONT FACE="Calibri">I am working with a PDB file that has two proteins&nbsp; docked together. As this is a model the two proteins do not have a bond between them. The model number&nbsp; is the same for</FONT></SPAN><SPAN LANG="en-ca"> <FONT FACE="Calibri">the two chains designated A and B.</FONT></SPAN><SPAN LANG="en-ca"> <FONT FACE="Calibri">I have looked through the various tutorials,</FONT></SPAN><SPAN LANG="en-ca"> <FONT FACE="Calibri">functions and tools</FONT></SPAN><SPAN LANG="en-ca"><FONT FACE="Calibri"> to figure out how to actually place a bond between two residues that link the two chains. It is well established as to</FONT></SPAN><SPAN LANG="en-ca"> <FONT FACE="Calibri">how the two proteins would be linked if the bond had been formed.</FONT></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-ca"></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-ca"><FONT FACE="Calibri">The linkage is between the S of a&nbsp; Cysteine and carbonyl carbon at the C-terminal of the other&nbsp; protein. </FONT></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-ca"></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-ca"><FONT FACE="Calibri">I think&nbsp; I have managed to select both atoms, but cannot determine how&nbsp; to include a bond.</FONT></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-ca"></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-ca"><FONT FACE="Calibri">Your assistance is appreciated.</FONT></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-ca"><FONT FACE="Calibri">Arthur Szabo</FONT></SPAN><SPAN LANG="en-ca"></SPAN></P>

</BODY>
</HTML>