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<div style="direction: ltr;font-family: Tahoma;color: #000000;font-size: 10pt;">
<div><font face="Times New Roman">Hi all,</font></div>
<div><font face="Times New Roman">I have some pdb files of&nbsp;ligand binding protein structures, and&nbsp;when&nbsp;I&nbsp;check these&nbsp;structures&nbsp;with the ribbon diagram (Presets -&gt; Interactive 1 (ribbons))&nbsp;with chimera,&nbsp;it not&nbsp;only show the &quot;ribbon&quot; but also the&nbsp;sidechain&nbsp;of
 some residues.&nbsp;I&nbsp;would like to know&nbsp;why, so I search on the Net. And I just find the site below:</font></div>
<div><font face="Times New Roman">https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/ribbonstyle/ribbonstyle.html</font></div>
<div><font face="Times New Roman">It says &quot;By default, when ribbon is shown for a residue,</font><font color="#000000" face="Times New Roman"> the
</font><a href="https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/ribbonstyle/ribbonstyle.html#class"><font color="#000000" face="Times New Roman">mainchain atoms</font></a><font color="#000000" face="Times New Roman"> of
</font><font face="Times New Roman">that residue are hidden, except where bonded to other displayed atoms (such as the sidechain).&quot;</font></div>
<div><font face="Times New Roman">I can't get more imformation, and still don't understand.</font></div>
<div><font face="Times New Roman">What&nbsp;is the rule chimera follow to&nbsp;show the sidechain of certain&nbsp;residues?</font></div>
<div><font face="Times New Roman"><br>
</font></div>
<div><font face="Times New Roman"><br>
</font></div>
<div><font face="Times New Roman">Thanks,</font></div>
<div><font face="Times New Roman">Root</font></div>
<div><br>
</div>
</div>
</body>
</html>