<div dir="ltr"><div><div>Hi Elaine,<br><br></div>I tried both selections but the side with the selected N atom (N side) moves in either one. The N side has a ligand bound to it. Is there a way to treat the N side and its ligand as a single object so that even it moves the ligand moves with it? Thank you.<br><br><br><br></div>Jing <br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Sat, Aug 13, 2016 at 8:48 AM, Elaine Meng <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" target="_blank">meng@cgl.ucsf.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Jing,<br>
Just choose the other option, move on N side.<br>
<br>
We need to change the wording in the dialog to make it more clear.  By “C side” we really meant the side with the selected C atom, even though that becomes the N side of the final joined protein.<br>
<br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
-----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.<br>
UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
On Aug 12, 2016, at 6:15 PM, Jie, Jing &lt;<a href="mailto:jiej@oregonstate.edu">jiej@oregonstate.edu</a>&gt; wrote:<br>
<br>
&gt; Hi all,<br>
&gt; Is there a way in chimera to fix the position of one model when creating a peptide bond between two models? I selected &#39;move atoms on C side&#39; but the N side chain still moves. Thanks in advance!<br>
&gt; Jing<br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br></div>