<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii">
</head>
<body>
<p dir="ltr">Hi Elaine, <br>
I thought about sending the data but was hoping there was an easy solution to something I was doing wrong... Which there was! Using :52.water worked perfectly.
</p>
<p dir="ltr">Thanks a ton! <br>
Thomas </p>
<div class="gmail_extra"><br>
<div class="gmail_quote">On Aug 12, 2016 14:49, Elaine Meng &lt;meng@cgl.ucsf.edu&gt; wrote:<br type="attribution">
<blockquote class="quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div><font size="2"><span style="font-size:10pt"></span></font>
<div>Hi Thomas,<br>
It&#8217;s difficult to answer questions like this without the data&#8230; I only have one low-confidence guess, which is to try&nbsp; :52.water instead of :52&nbsp;
<br>
<br>
&#8230;as mentioned in the &#8220;subcategories&#8221; section of<br>
&lt;<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/frameatom_spec.html">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/frameatom_spec.html</a>&gt;<br>
<br>
If that doesn&#8217;t work, you would have to send us the data (or a smaller sample, if possible).&nbsp; You could send it to just me if you don&#8217;t want to send to the whole list.<br>
Best,<br>
Elaine<br>
-----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>
UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
On Aug 11, 2016, at 4:46 PM, Thomas Faour (x2013gua) &lt;x2013gua@stfx.ca&gt; wrote:<br>
<br>
&gt; Hello there,<br>
&gt; <br>
&gt; I study water/ice systems and I have an algorithm which reads my trajectories and tell me if a certain water molecule can be considered &#8220;liquid&#8221;, &#8220;hexagonal ice&#8221; or &#8220;cubic ice&#8221;. So I can label each molecule at each frame as such. I am hoping to be able to
 use this data to create a movie where each group is coloured differently, and should a molecule change groups be re-coloured accordingly.<br>
&gt; <br>
&gt; I attempted this by running a PER-FRAME script which reads my labels from a data file, and colours the molecules. However I ran into a problem, running either of the following commands:<br>
&gt; <br>
&gt; colour blue,a :52<br>
&gt; select :52<br>
&gt; <br>
&gt; in the PER-FRAME script, or even just on the command line during an MD Movie does NOT work for me. This works for a single configuration file, but not during a movie. The command:<br>
&gt; <br>
&gt; color blue,a @OW<br>
&gt; <br>
&gt; however does work. I am currently using XTC trajectories, in case that is relevant.
<br>
&gt; <br>
&gt; What might fix my problem? Or is there a better way I could be doing this?<br>
&gt; Cheers,<br>
&gt; Thomas<br>
<br>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</body>
</html>