<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style type="text/css" style="display:none;"><!-- P {margin-top:0;margin-bottom:0;} --></style>
</head>
<body dir="ltr">
<div id="divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;background-color:#FFFFFF;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;">
<p></p>
<p class="p1"><span class="s1">Hello there,</span></p>
<p class="p2"><span class="s1"></span><br>
</p>
<p class="p1"><span class="s1">I study water/ice systems and I have an algorithm which reads my trajectories and tell me if a certain water molecule can be considered &#8220;liquid&#8221;, &#8220;hexagonal ice&#8221; or &#8220;cubic ice&#8221;. So I can label each molecule at each frame as such.
 I am hoping to be able to use this data to create a movie where each group is coloured differently, and should a molecule change groups be re-coloured accordingly.</span></p>
<p class="p2"><span class="s1"></span><br>
</p>
<p class="p1"><span class="s1">I attempted this by running a PER-FRAME script which reads my labels from a data file, and colours the molecules. However I ran into a problem, running either of the following commands:</span></p>
<p class="p2"><span class="s1"></span><br>
</p>
<p class="p1"><span class="s1">colour blue,a :52</span></p>
<p class="p1"><span class="s1">select :52</span></p>
<p class="p2"><span class="s1"></span><br>
</p>
<p class="p1"><span class="s1">in the PER-FRAME script, or even just on the command line during an MD Movie does NOT work for me. This works for a single configuration file, but not during a movie. The command:</span></p>
<p class="p1"><span class="s1"><br>
</span></p>
<p class="p1"><span class="s1">color blue,a @OW</span></p>
<p class="p2"><span class="s1"></span><br>
</p>
<p class="p2">however does work. I am currently using XTC trajectories, in case that is relevant.&nbsp;</p>
<p class="p2"><br>
</p>
<p class="p1"><span class="s1">What might fix my problem? Or is there a better way I could be doing this?</span></p>
<p class="p1"><span class="s1">Cheers,</span></p>
<p class="p1"><span class="s1">Thomas</span></p>
<br>
<p></p>
</div>
</body>
</html>