<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=Windows-1252">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 14px; font-family: Calibri, sans-serif;">
<div>Thank you, Eric!</div>
<div><br>
</div>
<div>Do you know how do I save minimized file in a pdb format?</div>
<div><br>
</div>
<div>I tried&nbsp;</div>
<div><br>
</div>
<div>
<div>rc(&quot;minimize spec ':1-97.C z&lt;10.0 &amp; :.G|:1-97.C z&lt;10.0 &amp; :.F|:1-97.C' nsteps 100 cgsteps 0&quot;)</div>
<div>rc(&quot;write 'newfile.pdb'&quot;)</div>
</div>
<div><br>
</div>
<div>It does the minimization, but doesn't write the file</div>
<div><br>
</div>
<div><span style="color: rgb(255, 240, 165); font-family: Courier; font-size: 12px; background-color: rgb(19, 119, 62);">MidasError: &quot;'newfile.pdb'&quot; is not a model number</span></div>
<p style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62); min-height: 14px;">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures"></span><br>
</p>
<div><span style="color: rgb(255, 240, 165); font-family: Courier; font-size: 12px; background-color: rgb(19, 119, 62);">Error while processing chimera_mini.py:</span>&quot;</div>
<div><br>
</div>
<div>Thank you!</div>
<div><br>
</div>
<span id="OLK_SRC_BODY_SECTION">
<div style="font-family:Calibri; font-size:11pt; text-align:left; color:black; BORDER-BOTTOM: medium none; BORDER-LEFT: medium none; PADDING-BOTTOM: 0in; PADDING-LEFT: 0in; PADDING-RIGHT: 0in; BORDER-TOP: #b5c4df 1pt solid; BORDER-RIGHT: medium none; PADDING-TOP: 3pt">
<span style="font-weight:bold">From: </span>Eric Pettersen &lt;<a href="mailto:pett@cgl.ucsf.edu">pett@cgl.ucsf.edu</a>&gt;<br>
<span style="font-weight:bold">Reply-To: </span>&quot;<a href="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu">chimera-users@cgl.ucsf.edu</a> BB&quot; &lt;<a href="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu">chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>&gt;<br>
<span style="font-weight:bold">Date: </span>Monday, August 8, 2016 at 2:33 PM<br>
<span style="font-weight:bold">To: </span>&quot;Bylund , Tatsiana (NIH/NIAID) [F]&quot; &lt;<a href="mailto:tatsiana.bylund@nih.gov">tatsiana.bylund@nih.gov</a>&gt;<br>
<span style="font-weight:bold">Cc: </span>&quot;<a href="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu">chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>&quot; &lt;<a href="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu">chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>&gt;<br>
<span style="font-weight:bold">Subject: </span>Re: [Chimera-users] chimera minimize script<br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
Hi Tatsiana,
<div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"></span>Residue 33 in chain K (an ASN) in your structure is missing the side chain. &nbsp;Since the first thing you do in your script is add hydrogens, Chimera adds two hydrogens to the carbon alpha
 of that residue. &nbsp;Since those hydrogens have no corresponding molecular mechanics parameters in the Amber database, the minimization didn’t work.</div>
<div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"></span>You should not addh/addcharge in your script and instead run DockPrep. &nbsp;See this dock-fans posting for how to do that: &nbsp;&nbsp;<a href="http://mailman.docking.org/pipermail/dock-fans/2007-May/001043.html" class="">[Dock-fans]
 dock prep in batch mode?</a>&nbsp; That posting talks about adding keyword arguments you want to the prep() call. &nbsp;If you want to use Gasteiger charges, add “method=‘gasteiger’” to the call.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">—Eric</div>
<div class=""><br class="">
<div class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;"></span>Eric Pettersen</div>
<div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;"></span>UCSF Computer Graphics Lab</div>
<div class=""><br class="">
</div>
</div>
</div>
<br class="">
<div>
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Aug 8, 2016, at 10:06 AM, Bylund, Tatsiana (NIH/NIAID) [F] &lt;<a href="mailto:tatsiana.bylund@nih.gov" class="">tatsiana.bylund@nih.gov</a>&gt; wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; font-size: 14px; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<div class="">Dear all,</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I need to minimize a lot of protein complexes and am trying to do it with a script.&nbsp;</div>
<div class="">I have a protein complex structure without Hydrogens, but when they are added in Chimera, it outputs error</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62);" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class="">Non-standard atom names:</span></div>
<div style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62); min-height: 14px;" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class=""></span><br class="">
</div>
<div style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62);" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;"></span>ASN HA2 (:33.K@HA2)</span></div>
<div style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62); min-height: 14px;" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class=""></span><br class="">
</div>
<div style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62);" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;"></span>ASN HA3 (:33.K@HA3)</span></div>
<div style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62); min-height: 14px;" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class=""></span><br class="">
</div>
<div style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62);" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class="">Total charge for #0: 32.039</span></div>
<div style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62); min-height: 14px;" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class=""></span><br class="">
</div>
<div style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62);" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class="">Total charge for #0: 32.039</span></div>
<div style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62); min-height: 14px;" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class=""></span><br class="">
</div>
<div style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62);" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class="">The following residues had non-integral charges:</span></div>
<div style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62); min-height: 14px;" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class=""></span><br class="">
</div>
<div style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62);" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;"></span>:33.K 0.039</span></div>
<div style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62); min-height: 14px;" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class=""></span><br class="">
</div>
<div style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62);" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class="">Correct charges are unknown for 2 non-standard atom names in otherwise standard residues</span></div>
<div style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62); min-height: 14px;" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class=""></span><br class="">
</div>
<div style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62);" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class="">Charges of 0.0 were assigned to the unknown atoms</span></div>
<div style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62); min-height: 14px;" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class=""></span><br class="">
</div>
<div style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62);" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class="">1 model(s) had non-integral total charge</span></div>
<div style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62);" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class="">Details in reply log</span></div>
<div style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62); min-height: 14px;" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class=""></span><br class="">
</div>
<div style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62);" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class="">Dock prep finished</span></div>
<div style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62); min-height: 14px;" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class=""></span><br class="">
</div>
<div style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62);" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class="">Error while processing chimera_mini.py:</span></div>
<div style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62);" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class="">No MMTK name for atom &quot;HA3&quot; in standard residue &quot;ASN&quot;</span></div>
</div>
</div>
<div class=""><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class=""><br class="">
</span></div>
<div class=""><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class=""><br class="">
</span></div>
<div class=""><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class="">When I delete residue K 33 (which DOES NOT have H in pub file) chimera runs minimization.</span></div>
<div class=""><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class=""><br class="">
</span></div>
<div class=""><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class="">Would you have any suggestions?</span></div>
<div class=""><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class=""><br class="">
</span></div>
<div class=""><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class="">Thank you!</span></div>
<div class=""><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class=""><br class="">
</span></div>
<div class=""><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class="">Kind regards,</span></div>
<div class=""><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class="">Tatsiana</span></div>
</div>
<span id="cid:CF557A04D161CE458122DBE8868C7837@mail.nih.gov">&lt;chimera_mini.py&gt;</span>_______________________________________________<br class="">
Chimera-users mailing list: <a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" class="">
Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br class="">
Manage subscription: <a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" class="">
http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br class="">
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
</div>
</div>
</span>
</body>
</html>