
<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii">

</head>

<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 14px; font-family: Calibri, sans-serif;">

<div>Dear all,</div>

<div><br>

</div>

<div>I need to minimize a lot of protein complexes and am trying to do it with a script. </div>

<div>I have a protein complex structure without Hydrogens, but when they are added in Chimera, it outputs error</div>

<div><br>

</div>

<div>

<div>

<p style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62);">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;">Non-standard atom names:</span></p>

<p style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62); min-height: 14px;">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;"></span><br>

</p>

<p style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62);">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;"><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;"></span>ASN HA2 (:33.K@HA2)</span></p>

<p style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62); min-height: 14px;">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;"></span><br>

</p>

<p style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62);">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;"><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;"></span>ASN HA3 (:33.K@HA3)</span></p>

<p style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62); min-height: 14px;">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;"></span><br>

</p>

<p style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62);">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;">Total charge for #0: 32.039</span></p>

<p style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62); min-height: 14px;">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;"></span><br>

</p>

<p style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62);">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;">Total charge for #0: 32.039</span></p>

<p style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62); min-height: 14px;">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;"></span><br>

</p>

<p style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62);">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;">The following residues had non-integral charges:</span></p>

<p style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62); min-height: 14px;">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;"></span><br>

</p>

<p style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62);">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;"><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;"></span>:33.K 0.039</span></p>

<p style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62); min-height: 14px;">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;"></span><br>

</p>

<p style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62);">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;">Correct charges are unknown for 2 non-standard atom names in otherwise standard residues</span></p>

<p style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62); min-height: 14px;">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;"></span><br>

</p>

<p style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62);">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;">Charges of 0.0 were assigned to the unknown atoms</span></p>

<p style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62); min-height: 14px;">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;"></span><br>

</p>

<p style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62);">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;">1 model(s) had non-integral total charge</span></p>

<p style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62);">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;">Details in reply log</span></p>

<p style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62); min-height: 14px;">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;"></span><br>

</p>

<p style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62);">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;">Dock prep finished</span></p>

<p style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62); min-height: 14px;">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;"></span><br>

</p>

<p style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62);">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;">Error while processing chimera_mini.py:</span></p>

<p style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62);">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;">No MMTK name for atom "HA3" in standard residue "ASN"</span></p>

</div>

</div>

<div><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;"><br>

</span></div>

<div><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;"><br>

</span></div>

<div><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;">When I delete residue K 33 (which DOES NOT have H in pub file) chimera runs minimization.</span></div>

<div><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;"><br>

</span></div>

<div><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;">Would you have any suggestions?</span></div>

<div><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;"><br>

</span></div>

<div><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;">Thank you!</span></div>

<div><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;"><br>

</span></div>

<div><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;">Kind regards,</span></div>

<div><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;">Tatsiana</span></div>

</body>

</html>