<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">Hi Tatsiana,<div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>Residue 33 in chain K (an ASN) in your structure is missing the side chain. &nbsp;Since the first thing you do in your script is add hydrogens, Chimera adds two hydrogens to the carbon alpha of that residue. &nbsp;Since those hydrogens have no corresponding molecular mechanics parameters in the Amber database, the minimization didn’t work.</div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>You should not addh/addcharge in your script and instead run DockPrep. &nbsp;See this dock-fans posting for how to do that: &nbsp;&nbsp;<a href="http://mailman.docking.org/pipermail/dock-fans/2007-May/001043.html" class="">[Dock-fans] dock prep in batch mode?</a>&nbsp; That posting talks about adding keyword arguments you want to the prep() call. &nbsp;If you want to use Gasteiger charges, add “method=‘gasteiger’” to the call.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">—Eric</div><div class=""><br class=""><div class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class=""><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;">        </span>Eric Pettersen</div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;">        </span>UCSF Computer Graphics Lab</div><div class=""><br class=""></div></div>

</div>
<br class=""><div><blockquote type="cite" class=""><div class="">On Aug 8, 2016, at 10:06 AM, Bylund, Tatsiana (NIH/NIAID) [F] &lt;<a href="mailto:tatsiana.bylund@nih.gov" class="">tatsiana.bylund@nih.gov</a>&gt; wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class="">

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii" class="">

<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; font-size: 14px; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<div class="">Dear all,</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I need to minimize a lot of protein complexes and am trying to do it with a script.&nbsp;</div>
<div class="">I have a protein complex structure without Hydrogens, but when they are added in Chimera, it outputs error</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">
<div class=""><div style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62);" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class="">Non-standard atom names:</span></div><div style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62); min-height: 14px;" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class=""></span><br class="">
</div><div style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62);" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;"></span>ASN HA2 (:33.K@HA2)</span></div><div style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62); min-height: 14px;" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class=""></span><br class="">
</div><div style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62);" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;"></span>ASN HA3 (:33.K@HA3)</span></div><div style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62); min-height: 14px;" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class=""></span><br class="">
</div><div style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62);" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class="">Total charge for #0: 32.039</span></div><div style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62); min-height: 14px;" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class=""></span><br class="">
</div><div style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62);" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class="">Total charge for #0: 32.039</span></div><div style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62); min-height: 14px;" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class=""></span><br class="">
</div><div style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62);" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class="">The following residues had non-integral charges:</span></div><div style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62); min-height: 14px;" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class=""></span><br class="">
</div><div style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62);" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;"></span>:33.K 0.039</span></div><div style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62); min-height: 14px;" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class=""></span><br class="">
</div><div style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62);" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class="">Correct charges are unknown for 2 non-standard atom names in otherwise standard residues</span></div><div style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62); min-height: 14px;" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class=""></span><br class="">
</div><div style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62);" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class="">Charges of 0.0 were assigned to the unknown atoms</span></div><div style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62); min-height: 14px;" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class=""></span><br class="">
</div><div style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62);" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class="">1 model(s) had non-integral total charge</span></div><div style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62);" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class="">Details in reply log</span></div><div style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62); min-height: 14px;" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class=""></span><br class="">
</div><div style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62);" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class="">Dock prep finished</span></div><div style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62); min-height: 14px;" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class=""></span><br class="">
</div><div style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62);" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class="">Error while processing chimera_mini.py:</span></div><div style="margin: 0px; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Courier; color: rgb(255, 240, 165); background-color: rgb(19, 119, 62);" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class="">No MMTK name for atom "HA3" in standard residue "ASN"</span></div>
</div>
</div>
<div class=""><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class=""><br class="">
</span></div>
<div class=""><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class=""><br class="">
</span></div>
<div class=""><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class="">When I delete residue K 33 (which DOES NOT have H in pub file) chimera runs minimization.</span></div>
<div class=""><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class=""><br class="">
</span></div>
<div class=""><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class="">Would you have any suggestions?</span></div>
<div class=""><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class=""><br class="">
</span></div>
<div class=""><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class="">Thank you!</span></div>
<div class=""><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class=""><br class="">
</span></div>
<div class=""><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class="">Kind regards,</span></div>
<div class=""><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class="">Tatsiana</span></div>
</div>

<span id="cid:CF557A04D161CE458122DBE8868C7837@mail.nih.gov">&lt;chimera_mini.py&gt;</span>_______________________________________________<br class="">Chimera-users mailing list: <a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" class="">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br class="">Manage subscription: <a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" class="">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br class=""></div></blockquote></div><br class=""></div></body></html>