<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=windows-1252"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">Hi Tom,<div class=""><br class=""></div><div class="">the cube.tif contains a volume which should align with cube.wrl.</div><div class="">However, I just realised the axes x,y,z were inverted as I created the wrl. After fixing this the two volumes overlap perfectly in chimera.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Thanks a lot for your help!</div><div class="">Marvin</div><div class=""><br class=""><div><blockquote type="cite" class=""><div class="">On 2 Aug 2016, at 02:13, Tom Goddard &lt;<a href="mailto:goddard@sonic.net" class="">goddard@sonic.net</a>&gt; wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><span style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; float: none; display: inline !important;" class="">Hi Marvin,</span><br style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class=""><br style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class=""><span style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; float: none; display: inline !important;" class="">&nbsp;Your cube.tif file is a stack of 30 images each 50 by 40 pixels. &nbsp;So Chimera displayed it with x, y, and z ranges of 0-50, 0-40, and 0-30. &nbsp;Your VRML file cube.vrml has a cube with x, y, z values ranging from 5-9, 10-14, 15-19. &nbsp;How would you expect these two data sets to align in Chimera? &nbsp;One of them would have to be shifted and scaled to align with the other. &nbsp;I did not see any shift or scaling information in the TIFF file.</span><br style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class=""><br style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class=""><span class="Apple-tab-span" style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: pre; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;">        </span><span style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; float: none; display: inline !important;" class="">Tom</span><br style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class=""><br style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class=""><br style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class=""><blockquote type="cite" style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">On Jul 28, 2016, at 12:55 AM, Marvin Albert wrote:<br class=""><br class="">Hi Elaine,<br class=""><br class="">ok I attached the files here.<br class=""><br class="">I have an image processing pipeline (external to chimera) which segments 3d image stacks and produces a .wrl file (also including meshlab as a tool). I want to use chimera for producing a nice video visualising the individual steps of the segmentation (which consist of .tif and .wrl outputs).<br class="">If I load in the .wrl and .tif into python for example, coordinates perfectly overlap. Also the coordinates in the raw .wrl file seem to look good.<br class=""><br class="">How does chimera load in the 3d tif stacks?<br class=""><br class="">With kind regards,<br class="">Marvin<br class=""><br class=""><br class="">&lt;cube.tif&gt;&lt;cube.wrl&gt;<br class=""><br class=""><br class=""><blockquote type="cite" class="">On 27 Jul 2016, at 19:14, Elaine Meng &nbsp;wrote:<br class=""><br class="">Hi Marvin,<br class="">That link asks for a login, but I can imagine you have two representations of the same object(s) that are not superimposed. &nbsp;(BTW, you can attach images to emails here as long as they arenít huge.)<br class=""><br class="">ÖHowever, I donít understand where these files came from, and thus why you expect them to be aligned. &nbsp;Did you read a TIFF stack into Chimera as a volume, then contour it, and then export the surface as .wrl? &nbsp;Chimera does not save volumes as .tif, it only saves an image of the graphics window contents in that format, without relationship to the original 3D coordinates.<br class=""><br class="">If some other program wrote the .tif (stack??) &nbsp;and .wrl, Iíd put the onus on that program to preserve the coordinate system. &nbsp;Or, maybe it is not possible to preserve 3D coordinates with the .tif format and youíd have to use a real volume format instead of an image stack.<br class=""><br class="">Iím not the expert on this topic, but the others are away. &nbsp;We may need to wait for their opinion(s), but in the meanwhile, clarifying your workflow might help.<br class="">Thanks,<br class="">Elaine<br class="">-----<br class="">Elaine C. Meng, Ph.D. &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<br class="">UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br class="">Department of Pharmaceutical Chemistry<br class="">University of California, San Francisco<br class=""><br class="">On Jul 27, 2016, at 9:49 AM, Marvin Albert wrote:<br class=""><br class=""><blockquote type="cite" class="">Hi all,<br class="">I process 3d objects and want to visualise them as meshes and volumes simultaneously.<br class="">However, when I load them into chimera the coordinates of the two are different (meaning they donít overlap).<br class=""><br class="">Is there an obvious reason for this? Would the volume viewer show a .tif file with different coordinates than chimera shows the .wrl mesh?<br class=""><br class="">(this tiny cube exemplifies my problem:<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><a href="http://www.filedropper.com/cube_3" class="">http://www.filedropper.com/cube_3</a>)<br class=""><br class="">Thanks a lot in advance,<br class="">Marvin<br class=""></blockquote><br class=""></blockquote><br class="">_______________________________________________<br class="">Chimera-users mailing list:<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" class="">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br class="">Manage subscription:<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" class="">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a></blockquote></div></blockquote></div><br class=""></div></body></html>