<div style="line-height:1.4">Hi elaine<br>You are right! Thanks very much.<br>Sincerely <br>Liuqing<br><br><br><span style="color:#888;font-size:15px;">发自 </span><a href="http://u.163.com/signature" style="font-size:15px;color:#2e90eb;" target="_blank">网易邮箱大师</a><br><br><br></div>在2016年07月30日 23:55 ,<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu">Elaine Meng</a>写道:<br><br><blockquote id="ntes-andriodmail-quote" style="margin:0px;padding-left:1ex;border-left:#ccc 1px solid">Hi Liuqing Chen,
<br>In the figure you sent, the part of the ribbon that is highlighted is non-transparent and the rest of the ribbon is partly transparent. &nbsp;For example, if you have already selected the part you want to highlight, then you could invert selection and set transparency of the non-highlighted part, commands something like:
<br>
<br>sel invert
<br>transparency 80 sel
<br>~sel
<br>
<br>You would probably want to turn off depth-cueing because that also gives a dimming effect, e.g. command:
<br>
<br>~set depthcue
<br>
<br>There are different paths to the same result, such as specifying residues directly instead of using a selection:
<br>
<br>transp 80 #0:45-188.A
<br>
<br>Of course you can use a different number than 80, or only make ribbons (not atoms) transparent, or only surface, etc. Details in the manual.
<br>&lt;<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/transparency.html&amp;gt">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/transparency.html&amp;gt</a>;
<br>
<br>I hope this helps,
<br>Elaine
<br>-----
<br>Elaine C. Meng, Ph.D. &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 
<br>UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab
<br>Department of Pharmaceutical Chemistry
<br>University of California, San Francisco
<br>
<br>On Jul 30, 2016, at 12:31 AM, 陈柳青 &lt;519198561@163.com&gt; wrote:
<br>
<br>&gt; HI
<br>&gt; How to make the figures in attachment, which highlight part of a structure.
<br>&gt; Thanks very much for advise. 
<br>&gt; --
<br>&gt; Liuqing Chen
<br>&gt; School of Life Science &amp; Biotechnology
<br>&gt; Minhang Campus
<br>&gt; Shanghai Jiao Tong University 
<br>&gt; No. 800 Dongchuan Road
<br>&gt; Shanghai 200240
<br>&gt; P.R. China
<br>&gt; Tel: +86 21 34207247
<br>&gt; 
<br>&gt; &lt;捕获.PNG&gt;
<br></blockquote><br><br><span title="neteasefooter"><span id="netease_mail_footer"></span></span>