<div dir="ltr"><div><div><div><div>Hi,<br><br></div>As explained here (<a href="https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/hydrophob.html">https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/hydrophob.html</a>), Chimera currentlyuses the Kyte-Doolittle scale by default for coloring proteins by hydrophobicity.<br><br></div>I wonder whether it might be worth updating this to use e.g. the scale described by Karen Fleming and co here (<a href="http://www.pnas.org/content/108/25/10174.full">http://www.pnas.org/content/108/25/10174.full</a>)? <br><br>This scale (and indeed most more recent scales in the literature, see review here: <a href="http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0968000411001320">http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0968000411001320</a>) differ quite dramatically from the Kyte-Doolittle scale, which places trp and tyr as comparable to serine, which does not seem reasonable based on analysis of membrane protein structure. <br><br>The Moon et al scale has the advantage that it is derived from studies of the energetics of protein folding and membrane insertion, as opposed to the energetics of isolated amino acid partitioning between ethanol and water, which as I understand it is what the K-D scale is mostly based on. Alternatively, would it be possible to allow users to select the default scale which it used for this purpose (I know it is possible to define a custom attribute for this, but this is a little cumbersome for something which sees frequent use).<br><br></div>Cheers,<br></div>Oli<br><div><div><br><br></div></div></div>