<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">Well, this is a bug with Chimera, but would be a lot of work to fix. &nbsp;There are alt locs throughout this structure and Dock Prep decides on which alt loc to keep on a per residue basis. &nbsp;This is a problem in the rare structure like this where there are alt loc positions for backbone atoms, not just side chains -- so in a few cases in adjacent residues it picks different alt locs, which causes the residues to lose covalent connectivity and therefore spurious HNs get added. &nbsp;The solution for you is to delete unwanted alt locs <i class="">before</i>&nbsp;running Dock Prep, then everything will work. &nbsp;For instance, to remove the B and C alt locs (leaving A), use this command:<div class=""><br class=""></div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>del @.B @.C</div><div class=""><br class=""></div><div class="">(Favorites-&gt;Command Line to show the command line).</div><div class=""><br class=""></div><div class="">ChimeraX handles alt locs in a completely different manner and this issue will be moot then.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">—Eric</div><div class=""><br class=""><div class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class=""><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;">        </span>Eric Pettersen</div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;">        </span>UCSF Computer Graphics Lab</div><div class=""><br class=""></div></div>

</div>
<br class=""><div><blockquote type="cite" class=""><div class="">On Jul 15, 2016, at 9:40 AM, Mike Bergman &lt;<a href="mailto:bergm310@umn.edu" class="">bergm310@umn.edu</a>&gt; wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><div class="">Good Morning.<br class="">I am trying to Dock Prep the kappa1 dimer (PDB ID: 2Q20) in order to<br class="">run Molecular Dynamics simulation.<br class="">I keep getting an error that I'm not sure how to solve.<br class="">I cleared the reply log and tried again so I could attach the reply<br class="">log to this email.<br class="">I have not modified the structure at all prior to the dock prep.<br class=""><br class="">When I looked at the residues, they seemed fine to me, but maybe you<br class="">can help me figure out what's wrong.<br class="">Any help would be appreciated.<br class=""><br class="">Thank you very much.<br class=""><br class="">Sincerely,<br class="">Mikey Bergman<br class=""><span id="cid:589A2020-BDF3-4EC0-BEF8-EA5819AB40ED@cgl.ucsf.edu">&lt;Residue&gt;</span>_______________________________________________<br class="">Chimera-users mailing list: <a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" class="">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br class="">Manage subscription: <a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" class="">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br class=""></div></div></blockquote></div><br class=""></div></body></html>