
<div style="line-height:1.7;color:#000000;font-size:14px;font-family:Arial">Oh, I see, thanks very much!<br><div style="position:relative;zoom:1"></div><div id="divNeteaseMailCard"></div><br>在 2016-07-07 00:31:16，"Elaine Meng" <meng@cgl.ucsf.edu> 写道：<br> <blockquote id="isReplyContent" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">Hi Jiying Jia,<div>The “findclash” default is to ignore interactions between atoms that are separated by 4 or fewer bonds, and this is controlled by the “bondSeparation” option.  For example, to ignore only interactions between pairs of atoms that are directly bonded (separated by 1 bond), you would use a command something like:</div><div><br></div><div>findclash #0 test #0 bondSep 1</div><div><br></div><div>… giving results shown in attached image, except I changed the line colors afterwards.</div><div><br></div><div>You can use command “help findclash” to see the findclash manual page (which explains the options and their default values), or see it on our website here:</div><div><<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/findclash.html">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/findclash.html</a>></div><div><br></div><div>I hope this helps,</div><div>Elaine<br><div>-----<br>Elaine C. Meng, Ph.D.                       <br>UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>Department of Pharmaceutical Chemistry<br>University of California, San Francisco<br><br></div><div><img height="210" width="300" apple-width="yes" apple-height="yes" apple-inline="yes" id="8994FA78-A183-4E4B-8B1E-40517D648C96" src="cid:57a0df44$1$155c1aad92b$Coremail$zhuceyonghu123$126.com"></div>On Jul 6, 2016, at 6:38 AM, xibei <<a href="mailto:zhuceyonghu123@126.com">zhuceyonghu123@126.com</a>> wrote:<br><br><blockquote type="cite">Hi,<br>I'm trying to use command "findclash" to check the excluded volume effect by detecting overlaps between atoms. The command I use is "findclash #0 test #0" or "findclash #0 overlapCutoff value test #0", but I found that two close atoms (14C,16C, dis=0.8) are not identified as "overlaped" while another two atoms (11C, 16C, dis=1.8) whose distance is larger are overlaped... Is there anything wrong about understanding the overlap?<br><br>Example molecular (init.mol2):<br>@<TRIPOS>MOLECULE<br>init.mol2<br>20 19 20 0 0<br>NUCLEIC_ACID<br>NO_CHARGES<br><br><br>@<TRIPOS>ATOM<br>      1 C          14.7888   10.0072   -5.6663 C.3       1  DA    0.0000<br>      2 C          15.4013    8.5150   -3.5012 C.3       2  DA    0.0000<br>      3 C          13.7388    8.7698   -5.6133 C.3       3  DA    0.0000<br>      4 C          14.6414    7.5770   -3.3654 C.3       4  DA    0.0000<br>      5 C          12.9675    5.9273   -2.0359 C.3       5  DA    0.0000<br>      6 C          13.6457    4.0155   -0.2544 C.3       6  DA    0.0000<br>      7 C          12.8822    2.8588    2.0634 C.3       7  DA    0.0000<br>      8 C          11.7541    3.3958    4.4562 C.3       8  DA    0.0000<br>      9 C          11.2290    4.5854    6.8231 C.3       9  DA    0.0000<br>     10 C          13.8907    4.6510    7.2730 C.3      10  DA    0.0000<br>     11 C          15.5581    5.2490    9.3114 C.3      11  DA    0.0000<br>     12 C          17.8150    4.7800   10.7177 C.3      12  DA    0.0000<br>     13 C          18.0666    2.1205   10.3271 C.3      13  DA    0.0000<br>     14 C          16.9288    4.4119    9.4640 C.3      14  DA    0.0000<br>     15 C          14.9471    3.0788   10.7232 C.3      15  DA    0.0000<br>     16 C          16.7345    3.9070    8.8773 C.3      16  DA    0.0000<br>     17 C          15.5384    2.3512   10.7314 C.3      17  DA    0.0000<br>     18 C          16.0476    1.4159    8.2501 C.3      18  DA    0.0000<br>     19 C          17.5152    1.5369    5.9877 C.3      19  DA    0.0000<br>     20 C          17.5650    3.1811    3.8468 C.3      20  DA    0.0000<br>@<TRIPOS>BOND<br>     1    1    2 1<br>     2    2    3 1<br>     3    3    4 1<br>     4    4    5 1<br>     5    5    6 1<br>     6    6    7 1<br>     7    7    8 1<br>     8    8    9 1<br>     9    9   10 1<br>    10   10   11 1<br>    11   11   12 1<br>    12   12   13 1<br>    13   13   14 1<br>    14   14   15 1<br>    15   15   16 1<br>    16   16   17 1<br>    17   17   18 1<br>    18   18   19 1<br>    19   19   20 1<br>@<TRIPOS>SUBSTRUCTURE<br>     1  DA     1 RESIDUE           4 A      DA     1 ROOT<br>     2  DA     2 RESIDUE           4 A      DA     2<br>     3  DA     3 RESIDUE           4 A      DA     2<br>     4  DA     4 RESIDUE           4 A      DA     2<br>     5  DA     5 RESIDUE           4 A      DA     2<br>     6  DA     6 RESIDUE           4 A      DA     2<br>     7  DA     7 RESIDUE           4 A      DA     2<br>     8  DA     8 RESIDUE           4 A      DA     2<br>     9  DA     9 RESIDUE           4 A      DA     2<br>    10  DA    10 RESIDUE           4 A      DA     2<br>    11  DA    11 RESIDUE           4 A      DA     2<br>    12  DA    12 RESIDUE           4 A      DA     2<br>    13  DA    13 RESIDUE           4 A      DA     2<br>    14  DA    14 RESIDUE           4 A      DA     2<br>    15  DA    15 RESIDUE           4 A      DA     2<br>    16  DA    16 RESIDUE           4 A      DA     2<br>    17  DA    17 RESIDUE           4 A      DA     2<br>    18  DA    18 RESIDUE           4 A      DA     2<br>    19  DA    19 RESIDUE           4 A      DA     2<br>    20  DA    20 RESIDUE           4 A      DA     1<br><br>Best Wishes!<br>Jiying Jia<br></blockquote><br></div></blockquote></div><br><br><span title="neteasefooter"><p> </p></span>